南方医科大学珠江医院擅长心血管内科、消化内科、胸外科、泌尿外科、肛肠科相关疾病的诊治。科室高端人才荟萃、技术实力雄厚、设施一流。
1、心血管内科
是全国首批三甲医院-南方医科大学（原第一军医大学）珠江医院重点培育品牌学科，是华南地区具有一定影响力的优势学科。已形成了以冠状动脉疾病的诊断、治疗及预防和心脏起搏电生理为主要研究方向，心脏介入的技术水平和数量名列国内先进行列。
2、消化内科
主治肝、胆、胰、食管、胃、肠等消化系统常见病，在消化道恶性肿瘤的诊断与规范化治疗方面为科室特色。消化内镜中心拥有国内一流的消化内镜诊疗设备及高素质的医疗技术人员，近年完成了胆管成形及支架植入术、自体骨髓细胞移植治疗晚期肝硬化等各类手术近千例。
3、胸外科
是广东省临床重点专科，是华南地区最早开展心胸外科手术的单位。科室拥有一支技术精湛、经验丰富、医德医风优良的医护专业团队，能常规开展各种类型的胸部外科手术，科室超过95%的手术均可通过微创腔镜进行。
4、泌尿外科
拥有先进的泌尿外科专科内窥镜诊疗室，拥有德国、日本、英国和美国进口的泌尿外科内窥镜设备，系广东及华南地区较大的泌尿外科中心，目前年均手术量约4000台，是卫生厅指定泌尿外科住院医师规范化培训基地之一。
5、肛肠科
是华南地区最早开展的肛肠专科之一，专注于肛肠盆底疾病的中西医结合诊治。牵头成立了“肛肠疾病围手术期管理联盟”，在各级医院推广科室的成熟经验，以方便患者就近就医。
中西医结合治疗肠炎、便秘、肛门直肠痛、慢性盆底痛、肛门坠胀、肛周瘙痒等疑难杂病。