南京心血管医院排名第一的是南京医科大学第一附属医院，该院心血管内科是我国首批硕士和博士学位授权点，是国家重点学科。其次是南京鼓楼医院-心血管内科和东南大学附属中大医院心血管内科。前者是是江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科；后者在省内率先开展了血管内超声检查等项目。
第一名：南京医科大学第一附属医院-心血管内科
南京医科大学第一附属医院心血管内科是我国首批硕士和博士学位授权点，是国家重点学科、国家临床重点专科培育点。学科现有8个国内一流的心导管手术室，现有博士生导师15人，硕士生导师28人，获国务院政府特殊津贴专家5人。2017年度中国医院科技影响力排名中，该科位列心血管病学科第4名。
第二名：南京鼓楼医院-心血管内科
南京鼓楼医院心血管内科，是江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科、南京市医学重点学科，可以开展包括各种冠状动脉介入、心律失常消融、起搏器植入、先天性心脏病封堵在内的心脏介入手术。特色技术常规开展冠心病介入、心律失常消融、起搏器植入、先天性心脏病封堵等介入手术。
第三名：东南大学附属中大医院-心血管内科
东南大学附属中大医院心血管内科，是省级临床重点专科，在省内率先开展了血管内超声检查、药物洗脱支架植入、冠状动脉内钙化斑块旋磨术；率先应用血管远端保护装置处理冠状动脉血栓性病变；率先在省内开展经桡动脉进行冠心病介入诊治；率先在省内开展经股动脉、桡动脉急性心肌梗死的急诊介入治疗，已成功抢救近千例急性心肌梗死病人，治疗数量和质量在省内处于领先水平。
第四名：东部战区总医院-心脏内科
东部战区总医院心脏内科，是最早建制科室之一，附设心脏重症监护病房、心血管病介入诊疗中心、心功能室和心血管医学实验室、国家药品临床基地工作室。在国内率先开展高血压血清血管紧张素转换酶测定及边缘性高血压的病理生理研究工作，开展经皮球囊成形术治疗二尖瓣狭窄，开展冠状动脉介入技术、射频消融术等。
第五名：南京市第一医院-心内科
南京市第一医院心内科是集医、教、研为一体、技术力量雄厚、医疗设施先进、治疗水平精湛的特色医疗中心，是国家级医学重点学科、江苏省临床重点专科、卫生部首批冠脉介入培训基地、江苏省心血管药物临床试验服务中心、江苏省冠心病诊疗中心、江苏省心血管疾病临床医学研究中心、江苏省“科教兴卫工程”医学重点学科、江苏省135医学重点学科、南京市临床医学中心、南京市转化医学中心；南京医科大学硕博士培养点。
第六名：南京脑科医院
南京脑科医院是我国最早的国立脑医学专科医院，为国家精神区域医疗中心创建单位。医院整体实力位于全国前列，其中精神科为首批国家临床重点专科，精神科及亚专科门诊量居全国第二位。在2021年度公布的复旦版医院专科排行中，精神医学连续12年位居专科声誉和专科综合排行榜全国第6位。
第七名：南京市第二医院
南京市第二医院是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院。设有心血管内科、感染病科、肝病科等科室，以精湛的医疗技术提供全面、优质的综合医疗服务，医疗服务辐射至全省及周边省市。
第八名：江苏省中西医结合医院-心血管科
江苏省中西医结合医院心血管科，是我国最早进行中医、中西医结合心血管疾病临床与科研的科室之一，是国家中医药管理局“十一五”、“十二五”重点专科，江苏省中医示范及重点专科，是国家药物临床研究机构心血管病专业点。常规开展冠心病的介入治疗、急性心肌梗死急诊PCI术、主动脉球囊反搏术、单双腔起搏器植入术、主动脉夹层腔内隔绝术等手术。开展薤香方湿化氧疗、中药药枕、中药香囊、中药足浴、动脉硬化穴位贴敷等中医药特色治疗。
第九名：南京医科大学附属江宁医院-心血管内科
南京医科大学附属江宁医院心血管内科，为江苏省人民医院冠心病中心江宁分中心。常规开展各类心脏病诊治，在诊治心绞痛、心肌梗死、高血压病、顽固性心衰、快速型心律失常、心瓣膜病、重症心肌炎等领域有独到之处，常规开展心脏起搏器安装术、冠状动脉造影术＋经皮冠状动脉腔内成形术＋支架置入术、快速心律失常射频消融术、对危重病人行床边临时起搏器安置术，在心脏病的诊治和抢救上具有较高水平。
第十名：南京市胸科医院-心内科
南京市胸科医院心内科是南京市医学重点专科，在治疗顽固性心力衰竭、严重心律失常，在以冠脉介入为主的心脏介入新技术等方面逐步形成了自己较强的专科特色和优势。在市内率先开展、也是目前唯一常规进行经皮穿刺二尖瓣球囊成形术，处于国内领先水平；是省内较早开展射频消融术和埋置永久心脏起搏器术治疗心律失常的医院之一，同时也是开展先天性心脏病、大血管病介入治疗为数不多的医院之一。