新疆医院排名前十的有新疆维吾尔自治区人民医院、新疆医科大学第一附属医院、新疆医科大学第二附属医院等。新疆维吾尔自治区人民医院已连续七年入榜“中国医院竞争力·顶级100强”，排名78位。新疆医科大学第一附属医院是自治区最大的“三级甲等综合医院”之一。新疆医科大学第二附属医院是国家卫生部首批认定的“三级甲等”医院，多项技术已达到国内先进水平。
第一名：新疆维吾尔自治区人民医院
新疆维吾尔自治区人民医院，是一所集医疗、教学、科研、健康管理为一体的大型综合性“三级甲等医院”。医院连续七年入榜“中国医院竞争力·顶级100强”，排名78位；名列智慧医院HIC全国第7名。2020年度在中国医院影响力排行榜中名列全国49名、西北地区第3名。医院设有国家呼吸疾病区域医疗中心、7个国家级临床重点专科、26个自治区级医学质量控制中心，40个专科列入自治区临床重点专科。
第二名：新疆医科大学第一附属医院
新疆医科大学第一附属医院，已逐步发展成为一所集医疗、教学、科研、预防和管理为一体的大型综合性研究型医院，是自治区最大的“三级甲等综合医院”之一。拥有6个卫生计生委内镜培训基地、1个卫生计生委医师规范化培训基地（34个专业）、1个科技部省部共建国家重点实验室培育基地、1个新疆重大疾病防治与转化协同创新中心、15个自治区级医学研究所、9个自治区级医疗质量控制中心、1个自治区临床技能培训中心。
第三名：新疆医科大学第二附属医院
新疆医科大学第二附属医院，是一所集医疗、教学、科研、康复、预防为一体的省级综合医院，国家卫生部首批认定的“三级甲等”医院，除常规手术外，微创手术和治疗已成体系，微创诊治中心能在腔镜下开展腹部外科、胸外科、妇产科、泌尿外科、耳鼻喉科、骨科、消化科、肛肠科等各种手术和治疗。神经外科显微手术、心血管病的介入治疗、体外碎石、肿瘤的综合治疗达到国内先进水平。
第四名：新疆医科大学第五附属医院
新疆医科大学第五附属医院，是一所集医疗、教学、科研、预防为一体的综合性三级甲等医院，是自治区唯一一所拥有职业病临床床位的大型综合医院。医院逐渐形成了一批有实力的临床三级学科，有些学科进入区内同行先进序列。其中心血管内科、骨科、放射科曾是铁道部重点专科，在自治区同行中享有盛誉。
第五名：新疆维吾尔自治区肿瘤医院
新疆维吾尔自治区肿瘤医院，是新疆唯一一所集医教研防于一体的三级甲等肿瘤专科医院。医院拥有临床医学（肿瘤学）博士学位授权点，肿瘤学硕士学位授权点，是自治区肿瘤学重点学科，医学检验技术专业获批国家级一流本科专业建设点，麻醉学专业、医学影像学专业获自治区级一流本科专业建设点。
第六名：新疆维吾尔自治区中医医院
新疆维吾尔自治区中医医院，是集医疗、教学、科研、预防保健和康复于一体的三级甲等中医医院。医院中医药特色享誉全国各地，常年开展的中医特色诊疗技术项目达100余项，针灸、推拿、小针刀、中医食疗、中药熏洗、浸浴、溻渍、贴敷等中医特色技术项目深受广大患者的欢迎。同时，开展了心脑血管介入治疗、心脏搭桥手术、脊柱椎间孔镜手术、胸腔镜手术、关节镜手术等多学科手术，部分技术处于疆内领先水平。
第七名：新疆阿克苏地区第一人民医院
新疆阿克苏地区第一人民医院，是阿克苏地区唯一一家集医疗、教学、科研、预防、保健、康复和急救于一体的三级甲等综合医院和国家爱婴医院，是阿克苏区域医疗中心。医院可开展先心病房/室间隔缺损修补术、心脏瓣膜置换术、枕嵴融合术、嵴柱侧弯矫形术、颈椎骨折前后路手术、人工膝关节表面置换术及再置换术、胰十二指肠根治术、肝癌肝三叶切除术、胆囊癌根治术、结、直肠癌根治术等四级手术，居自治区、地区领先地位。
第八名：喀什地区第一人民医院
喀什地区第一人民医院，是一所集医疗、教学、科研、预防于一体的地州级综合性（三级甲等）医院，医院先后成功地开展了脊椎间盘切除术、自体骨移植融合术、人工膝、髋关节置换术等，以及部分介入性治疗，有效地提高了医疗技术水平，部分技术项目在本地区处于技术领先水平，尤其是心血管内科、眼科、骨外科、泌尿外科、胸外科、耳鼻喉颌面外科等在喀什地区具有一定的专业技术优势。
第九名：石河子大学医学院第一附属医院
石河子大学医学院第一附属医院，已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的综合性三级甲等医院。拥有儿科重症、重症医学、临床病理、普通外科、急诊医学、临床护理、心血管内科、肿瘤内科8个国家临床重点专科，同时也是兵团临床重点专科;拥有骨科、消化内科、内分泌科、神经外科、妇科、口腔科、康复科、老年病科8个兵团临床重点专科。
第十名：新疆医科大学第八附属医院
新疆医科大学第八附属医院，是新疆唯一一所以治疗胸部疾病为主的集医疗、预防、科研、教学为一体的三级甲等专科医院。医院专科特色为各类结核病的诊断及治疗，特别是耐药结核病、各类肺外结核病、肺结核合并症的诊疗已形成地区品牌和特色。开展的耐药结核病诊疗、结核病实验室快速诊断、支气管镜诊疗、放射介入诊疗、胸外科微创手术技术等诊疗技术均处于全疆领先水平。