阿克苏医院排名靠前的有新疆阿克苏地区第一人民医院、新疆兵团第一师医院、阿克苏地区第二人民医院等。其中新疆阿克苏地区第一人民医院属于国家爱婴医院，是阿克苏区域医疗中心；新疆兵团第一师医院为兵团医疗卫生行业中规模最大、设备精尖、学科健全的师级综合性三甲医院，43项技术填补了南疆和地区在该领域的空白；阿克苏地区第二人民医院已拥有较多特色的专业学科，在本地区具有较高的美誉度和知名度。
第一名：新疆阿克苏地区第一人民医院
新疆阿克苏地区第一人民医院，是阿克苏地区唯一一家集医疗、教学、科研、预防、保健、康复和急救于一体的三级甲等综合医院和国家爱婴医院，是阿克苏区域医疗中心。医院可开展先心病房/室间隔缺损修补术、心脏瓣膜置换术、枕嵴融合术、嵴柱侧弯矫形术、颈椎骨折前后路手术、人工膝关节表面置换术及再置换术、胰十二指肠根治术、肝癌肝三叶切除术、胆囊癌根治术、结、直肠癌根治术等四级手术，居自治区、地区领先地位。
第二名：新疆兵团第一师医院
新疆兵团第一师医院为兵团医疗卫生行业中规模最大、设备精尖、学科健全的师级综合性三甲医院。先后被评为“全国文明单位”“全国百佳爱婴医院”称号，先后获得全国卫生系统“巾帼文明示范岗”、全国“青年文明号”集体等荣誉称号。先后开展各类新技术新项目106项，其中43项技术填补了南疆和地区在该领域的空白。
第三名：新疆阿克苏地区第二人民医院
阿克苏地区第二人民医院目前已经形成了以心内科、糖尿病学科、感染病学科、骨科、中医康复等为特色的专业学科，在该地区具有较高的美誉度和知名度。医院配置的多排CT、DR、C型臂等放射设备及彩色心脏、腹部B超等各种临床检查检验设备，能够满足临床诊治的需求。
第四名：乌什县人民医院
乌什县人民医院已发展成为一所集医疗、急救、教学、康复、预防、保健于一体的综合性二级甲等医院。还是北京胸科医院、浙江大学第二附属医院、新疆医科大学第一附属医院等的技术协作医院，学科设置齐全，设备先进。