治疗直肠癌比较好的医院是上海交通大学医学院附属瑞金医院、浙江大学医学院附属第一医院、北京协和医院，需到肛肠外科、普外科等科室就诊，上海交通大学医学院附属瑞金医院的肛肠外科在全国有广泛的社会影响，对肠道与肛管疾病的治疗有自身的特色与专长。浙江大学医学院附属第一医院的结直肠外科，对结直肠癌多学科诊疗（MDT）达国内领先水平；北京协和医院基本外科结直肠组每年收治结直肠癌800余例，占全年手术例数的90%左右，这些医院治疗直肠癌也比较好。
第一名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-肛肠外科
上海交通大学医学院附属瑞金医院的肛肠外科，是该院特色专业之一，在全国有广泛的社会影响。拥有国内外知名的专家教授，在疑难肛肠疾病治疗方面深有造诣。专业治疗肠道（小肠、结肠、直肠）肿瘤、肛肠等疾病。对肠道与肛管疾病的治疗有自身的特色与专长。除拥有先进的治疗设备与仪器，还自行发明一系列实用的手术与照明器械，在减轻病人痛苦的同时，提高了手术的成功率。
第二名：浙江大学医学院附属第一医院-结直肠外科
浙江大学医学院附属第一医院的结直肠外科，专科特色对结直肠癌、肛周疾病（痔、瘘、裂）、功能性便秘、炎症性肠病、结直肠息肉、造口及慢性伤口等的诊治均达国内领先水平；对处理各种疑难复杂的大肠肛门疾病亦已具备丰富的经验和很高的水准；年平均结直肠肿瘤收治病例数为全省最多；结直肠癌多学科诊疗（MDT）达国内领先水平。
第三名：北京协和医院-基本外科
北京协和医院基本外科，在国内最早细化建立专业组，现已成为普外领域全国疑难重症疾病的诊治中心。结直肠组每年收治结直肠癌800余例，占全年手术例数的90%左右，在国内较早（1994年）开展了双吻合技术在直肠癌术中应用，结肠-肛管吻合技术（Parks术）在低位直肠癌保肛手术中的应用研究。在国内率先开展中低位直肠癌新辅助放化疗临床工作，改进新辅助放化疗方案，提高了中低位直肠癌的综合治疗效果。
第四名：复旦大学附属中山医院-普外科
中山医院普外科目前是国家“211工程”建设重点学科、教育部国家重点学科和卫计委国家临床重点专科。普外科在临床营养、胃肠外科、胆道外科、胰腺外科以及胃肠动力等领域形成研究特色。目前，中山医院普外科以亚专业学科建设为主要方向，以多学科协作诊治（MDT）、内镜与微创外科为重要平台，对炎症性肠病的外科治疗，以及结直肠肿瘤切除术水平达到领先。
第五名：首都医科大学附属北京安贞医院-肛肠科
首都医科大学附属北京安贞医院肛肠科是普外科下设的亚专科，其普外科是国内最早期开展腹腔镜微创手术的单位之一，较早在国内开展腹腔镜胆囊切除、腹腔镜结肠癌和直肠癌根治性手术等，实施腔镜微创手术4万余例。在乳腺甲状腺肿瘤微创外科、胃肠肝胆胰肿瘤微创外科、肥胖减重及糖尿病代谢疾病微创手术以及合并心肺疾病的普外科疾病手术等四方面，具有国内鲜明的医疗特色。
第六名：中国人民解放军总医院-普通外科医学部
中国人民解放军总医院普通外科医学部，下设腹部创伤外科、胃外科、结直肠外科、甲状腺（疝）外科、乳腺外科5个亚专科。其中结直肠外科是普通外科医学部运行编制最大的亚专科，在国内率先开展晚期直肠癌全盆腔脏器切除术，超低位直肠癌的微创保肛及保功能手术等。在国内率先开设了结直肠肿瘤MDT门诊，开展了晚期结直肠肿瘤转化治疗、细胞免疫治疗等创新转化工作，是国内知名的结直肠肿瘤治疗中心。
第七名：华中科技大学同济医学院附属同济医院-胃肠外科
武汉同济医院胃肠外科是同济医院最早成立的专科，是国家首批重点学科普外科和卫生部国家临床重点专科普外科的重要组成部分，是国内较早的专科招收博士点单位之一，是华中地区乃至全国具有特色和处于领先地位的学科。科室采取疑难病例和疑难手术集体会诊制度，能高质量完成各种消化道恶性肿瘤（如胃癌，结肠癌，直肠癌等的综合治疗）、疑难危重疾病（如消化道出血，肠瘘，肠梗阻及严重术后并发症等）的诊治。
第八名：中山大学附属第一医院-普通外科
中山大学附属第一医院普通外科是国家重点学科、国家卫生部临床重点专科、广东省普通外科质量控制中心，现已成为华南地区最大型的普外科医疗、教学、科研、培训的重要基地，有多个临床或科研项目处于国内领先的地位，在国内外尤其是港澳地区及东南亚一带享有较高的声誉。科室对于胃肠肿瘤（如直肠癌、胃癌等）的综合治疗措施和完善的术后随访制度显著提高了病人的5年生存时间，成为全国胃肠外科的示范，在国内胃肠外科领域处于领先水平。
第九名：北京大学人民医院-胃肠外科
北京大学人民医院胃肠外科是普通外科下设的亚科，是国家临床重点专科，现已成为医疗、教学和科研全面发展并且一直走在国内普通外科领域最前列的科室。科室分为肝胆外科病房、胃肠外科病房等。其中胃肠外科收治的病种主要包括胃肠道良恶性疾病，尤其擅长胃肠道肿瘤的规范化、个体化治疗。在消化道恶性肿瘤的综合治疗、结直肠癌肝脏转移癌的外科治疗等方面，保持全国甚至国际的领先水平。
第十名：北京市肛肠医院
北京市肛肠医院是全国最大的以诊治各种复杂、疑难和重症肛肠疾病为特色的三级甲等中西医结合医院。其肛肠外科诊疗核心技术位于国内国际领先水平，在直肠癌、炎性肠病、失禁、便秘、重症感染等疑难重症疾病诊治上，开展经肛门全直肠系膜切除手术、经自然腔道取标本手术，在国内率先开展视频辅助肛瘘治疗等，不断进行肛肠诊治的国际国内最新实践。