长春中医药大学附属医院擅长的科室有内分泌科、骨伤科、肝脾胃科、肺病内科、心病内科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、内分泌科
长春中医药大学附属医院内分泌科已成为国家区域中医诊疗中心建设单位、国家卫建委临床重点专科（中医专业）、国家中医药管理局重点学科、国家中医药管理局重点专科、吉林省卫健委重点专科、长春市中医名科。科室中医临床疗效和综合服务能力明显提高，近几年科室荣获艾力彼中国中医医院“最佳研究型专科”、中国创面修复专科建设培育单位、长春中医药大学附属医院“青年文明号”等称号。
2、骨伤科
长春中医药大学附属医院骨伤科现为国家中医药管理局重点学科、重点专科，中华骨伤名科，国家中医药管理局天池伤科流派工作室。以国医大师刘柏龄教授名老中医工作室、天池伤科流派工作室和骨伤科研究室、实验室为核心，与美国波士顿大学、美国克利夫兰医学研究中心等国外知名大学和中心联合，为专科提供试验方案、方法、技术等方面的支持。
3、肝脾胃科
长春中医药大学附属医院肝脾胃科是集医、教、研为一体的临床科室，所在学科中医内科为吉林省教育厅重点学科，所在科室肝脾胃病科为省中医药管理局重点专科、长春市中医名科。注重发挥中医药优势和专科特长，研究方向稳定，在临床医疗实践中突出中医特色，注重中西医诊病与辨证相结合，在总结历代医家对各类消化病治疗经验的前提下，结合现代医学及科技手段，提出了治疗疾病的新思路、新方法，独树一帜，疗效确切。
4、肺病内科
长春中医药大学附属医院肺病内科是十二五国家卫生部重点专科、十一五国家中医药管理局中医药重点学科、吉林省重点学科、长春市名科。本学科已逐步由单纯医疗、教学，发展成为有一定特色的国家重点专科、学科。擅长间质性肺疾病（肺纤维化），肺癌，各种肺部感染，慢性肺源性心脏病等。为呼吸系统疾病患者提供规范的诊断和治疗，以及健康教育、康复指导等全方位的医疗服务。
5、心病内科
长春中医药大学附属医院心病内科现已成为国家中医药管理局心血管病重点专科、重点学科，卫生部重点专科，国家中医临床研究基地冠心病重点病种研究单位，吉林省卫生厅心血管重点实验室，吉林省教育厅重点学科、精品课程，吉林省中医局重点学科，重点研究室，三级实验室。针对冠心病心绞痛、急性心肌梗死、顽固性心衰、高血压病、心律失常等心血管系统疾病形成了中医特色诊疗规范。
