菏泽儿科医院排名靠前的是菏泽市立医院小儿科、山东菏泽牡丹区妇幼保健院儿科、菏泽医专附属医院儿科等。菏泽市立医院小儿科年门诊量10万人次，危重新生儿抢救成功率达95%以上，儿童哮喘规范化诊治与管理达全国先进水平；山东菏泽牡丹区妇幼保健院儿科由主治医师以上职称的经验丰富医务人员组成，在性早熟、先天性甲状腺功能低下等疾病诊疗上优势显著；菏泽医专附属医院儿科是医院重点临床科室，配备全套先进新生儿救治设备，具备小儿疑难病症及危重症抢救能力。
1、菏泽市立医院 小儿科
该科室承担菏泽市及周边地区小儿常见病、危重疑难病诊治及儿童保健工作，为山东省住院医师规范化培训基地，年门诊量10万人次，年出院病人近1万人次，下设12个临床专业。其新生儿专业建有急危重症新生儿救治中心及完善的转运系统，年收治危重症新生儿近1000例，抢救成功率达95%以上，早产超低体重儿救治水平较高，可开展高频振荡通气、肺泡表面活性物质临床应用等多项新技术。呼吸专业率先在菏泽开展电子支气管镜诊疗，获评“儿童哮喘标准化门诊”，哮喘规范化诊治与管理达全国先进水平。神经康复专业为中国抽动障碍协作组山东站成员、菏泽市残联残疾儿童精准康复救助定点医院，覆盖神经疾病诊治与全周期康复服务。
2、山东菏泽牡丹区妇幼保健院 儿科
该科室由一批临床经验丰富的主治医师以上职称医务人员组成，深耕儿科常见病、多发病、疑难病的临床诊疗，服务覆盖各年龄段儿童的常见健康问题。其诊疗优势覆盖多个系统疾病，呼吸系统方面可规范诊治急性上呼吸道感染、急性支气管炎、支气管肺炎、支气管哮喘等；消化系统方面对急性胃肠炎、病毒性肠炎、细菌性肠炎等疗效确切；同时在急性泌尿系统感染、性早熟、先天性甲状腺功能低下等疾病的诊治上也具有显著优势，可为患儿提供针对性的诊疗方案。
3、菏泽医专附属医院 儿科
该科室是医院重点临床科室，配备超声脉冲导入治疗仪，在小儿呼吸、消化、泌尿等系统疾病治疗上有独特疗效，可缩短病程且患儿易于接受。其新生儿重症监护病区配置先进，配备德国多功能婴儿呼吸机2台、心电监护仪14台，以及新生儿暖箱、辐射式抢救台等抢救设备，可开展持续气道正压通气、常规机械通气、胃肠外营养、深静脉置管等治疗，能及时诊断多种先天畸形、遗传代谢病。科室医护人员先后赴山东大学齐鲁医院培训进修，具备小儿疑难病症处置及危重病人抢救能力，还可为出院的危重新生儿提供随访及康复指导。
4、菏泽市牡丹人民医院 儿科
该科室是医院特色科室，诊疗技术与学术研究均达市级先进水平，年门诊量4万人次，年出院病人1万人次，在菏泽市享有较高知名度。科室诊疗覆盖消化、内分泌、循环、呼吸、血液、神经系统等儿科疾病方向，配备婴儿高压氧室，2010年设立新生儿重症监护室，配有高频喷射呼吸机、小儿CPAP、心电监护仪等先进设备，与齐鲁儿童医院建立长期业务合作关系，可成功抢救新生儿肺透明膜病、新生儿缺氧缺血性脑病、颅内出血、呼吸衰竭等重症病症。科室连续20年获评医院“先进科室”“先进党支部”，诊疗能力获得区域内患儿家属的广泛认可。
5、单县中心医院 儿科
该科室成立于1960年，是鲁西南地区儿童医疗、保健中心，近年获市级科技成果二等奖3项，在省级以上杂志发表论文40余篇，设有小儿神经、呼吸、新生儿等多个专业方向，开通与山东大学齐鲁医院的远程会诊通道，疑难危重病人可随时预约知名专家会诊。其小儿神经内科为重点专业，重症神经根炎合并呼吸肌麻痹的抢救连续15年全部成功，达国内先进水平，癫痫治疗相关研究成果曾在国际小儿神经病学学术会议上专题报告，小儿脑瘫康复技术市内领先。新生儿专业为重点专业，曾成功救治出生体重不足800克的早产儿，多项新生儿救治技术达省内先进水平，年收治新生儿800人。
