根据最新版复旦专科版排行榜，全国眼科比较好的医院排名是中山大学中山眼科中心、首都医科大学附属北京同仁医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院，中山大学中山眼科中心已经连续十二年占据复旦专科版榜的首位，并且连续八年位列中国眼科科技影响力排行榜的第一名。同时是唯一的眼科学国家重点实验室依托单位。首都医科大学附属北京同仁医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院的眼科分别位居复旦专科版榜第二名和第三名。
1、中山大学中山眼科中心
该医院眼科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第1名（连续12年）、中国眼科科技影响力第1名（连续8年），是唯一的眼科学国家重点实验室依托单位，是世界卫生组织在中国唯一眼科合作机构，是亚太眼科学会总部所在地。同时是规模最大的公立眼科医院，也是国内首家三甲眼科医院，能够为国家常见和疑难罕见眼病患者提供高质量的诊疗服务。
2、首都医科大学附属北京同仁医院-眼科
该医院眼科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第2名，是教育部批准的国家重点学科、国家卫生计生委临床重点专科，在国内眼科学界长期占据举足轻重的地位，并在国际上享有一定的影响力。科室组建了国家眼科创新药物研究与评估中心，成为眼科药物开发领域第一家国家级创新药物的GCP评估平台。
3、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院
该医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等眼耳鼻喉专科医院，眼科实力尤其强大，位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第3名，是国家教育部重点学科、国家临床重点专科、卫生部重点学科，已经发展成为集医疗、教学、科研和防盲治盲于一体的重要机构。同时该医院拥有多个重点实验室和临床医学研究中心，是国家级和上海市住院医师规范化培训基地。
4、浙江大学医学院附属第二医院-眼科
该医院眼科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第4名，是一所集临床、科研、教学为一体的大型现代化眼科中心，是国家临床重点专科、国家重点（培育）学科。科室硬件设施达到发达国家先进水平，设有10大专业学组，能够开展全方位的眼科诊疗和手术，水平处于国内领先、国际先进水平。
5、温州医科大学附属眼视光医院
该医院是浙江省唯一一家三级甲等眼科专科医院，是全国眼科疾病临床医学研究中心。在国际上首次将经典“眼科学”与现代“视光学”有机整合，创建了归属于临床医学教育范畴的眼视光医学专业。眼科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第5名。
