重庆针灸科比较厉害的三个医院是重庆市中医院、重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院。
重庆市中医院针灸科历史悠久、底蕴深厚，是国家临床重点专科，在针灸诊疗、传承与国际交流方面成效卓著。重庆医科大学附属第一医院中西医结合科/中医科是国家重点学科，中西医结合诊治风湿免疫病、老年病优势突出。陆军军医大学新桥医院针灸科医师经验丰富，擅长针灸辅助治疗各类常见病。
1、重庆市中医院 针灸科
重庆市中医院针灸科创建于上世纪五十年代，由多位著名针灸中医专家创立，是重庆市最早成立的针灸科室，有着深厚的历史底蕴，曾发生吴棹仙先生向毛主席敬献子午流注环周图的标志性事件。科室历经传承发展，成为国家临床重点专科、国家中医药管理局重点专科等，人才梯队雄厚，擅长针灸中药结合诊治多种常见病、疑难病，在国内外享有声誉，科研教学与国际交流成果丰硕。
2、重庆医科大学附属第一医院 中西医结合科/中医科
重庆医科大学附属第一医院中西医结合科/中医科是国家中医药管理局中西医结合临床重点学科、老年病重点专科，也是重庆市最早的中西医结合临床重点学科及硕士学位授权点。科室强调中西医并重，突出中医特色疗法，汇聚多名重庆市名中医，重点诊治风湿免疫病、老年病及各类慢性病，诊疗经验丰富，是全国综合性医院中医药工作示范单位，学术影响力显著。
3、陆军军医大学新桥医院 针灸科
陆军军医大学新桥医院针灸科汇聚一批临床经验丰富、具备主治医师以上职称的医务人员，专注于中医针灸诊疗领域。科室秉持中医辨证施治理念，擅长运用针灸技术辅助治疗月经不调、痛经、面瘫、脑梗死、睡眠障碍等多种病症，同时对肩周炎、颈椎间盘突出、软组织挫伤等疼痛类疾病的针灸干预疗效显著，为患者提供专业、精准的中医针灸服务。
4、重庆大坪医院 中医科
重庆大坪医院中医科始建于六十年代初期，是集临床、教学、科研于一体的一级临床学科，也是中西医结合硕士授权学科。科室人才梯队合理，拥有重庆市名中医领衔的团队，以中医及中西医结合诊疗为核心，开设中医内、妇、儿科及针灸治疗相关服务，擅长诊治多种常见病、慢性病及疑难病症，承担多项科研课题，发表大量学术论文，特色优势鲜明。
5、重庆市人民医院 针灸科
重庆市人民医院针灸科是医院中医特色专科，秉持“突出中医特色，继承与创新并重”的原则，深耕中医针灸及外治法领域。科室熟练运用体针、头针、火罐、穴位贴敷等多种治疗方法，开展内、外、妇、儿等多科室杂病的诊治，诊疗水平较高，除门诊诊疗外，还可为院内住院患者提供针灸支持，在广大患者中积累了良好的口碑与声誉。
