全国比较好的间质性膀胱炎医院是中国人民解放军总医院、北京大学第一医院、四川大学华西医院，中国人民解放军总医院泌尿外科已发展成全军和全国领先、国际一流的泌尿外科中心，2020年全国医院专科排行榜位居全国第2位。北京大学第一医院泌尿外科是新中国泌尿外科事业的发源地和先行者；四川大学华西医院泌尿外科是我国最早建立的泌尿外科专业之一。
第一名：中国人民解放军总医院-泌尿外科
中国人民解放军总医院泌尿外科由第一医学中心（解放军总医院本部）、第三医学中心（原武警总医院），第四医学中心（原解放军第304医院），第五医学中心（原解放军第307医院），第六医学中心（原海军总医院），第七医学中心（原陆军总医院），第八医学中心（原解放军第309医院）七个中心组成。现已发展成全军和全国领先、国际一流的泌尿外科中心，2020年全国医院专科排行榜位居全国第2位。医学部设结石外科、肾脏外科、膀胱外科、前列腺外科、肾上腺外科和男科6个亚专科和专业组和1个研究所。擅长尿道狭窄、肾结石、膀胱肿瘤、间质性膀胱炎等疾病的治疗，年门诊量超过33万人次，年手术量超过10000例。
第二名：北京大学第一医院-泌尿外科
北京大学第一医院泌尿外科是新中国泌尿外科事业的发源地和先行者。本学科一直为高教部、教育部国家重点学科，也是北京大学第一医院重点支持的学科和中央保健基地的组成部分。2012年，本学科被评为卫生部临床重点学科和北京市重点实验室。2010年起，该学科在复旦大学发布的《中国最佳医院排行榜》连续七年位列本专科首位。泌尿外科是国内最早开展肾移植手术、泌尿外科腹腔镜手术、尿路腔镜手术的学科，擅长治疗泌尿系统肿瘤、间质性膀胱炎等疾病。
第三名：四川大学华西医院-泌尿外科
四川大学华西医院泌尿外科是我国最早建立的泌尿外科专业之一，在泌尿外科领域拥有雄厚的基础，一直是我国泌尿外科疾病、微创泌尿外科和肾脏移植的医疗、科研、教学中心，其整体学术水平长期位居全国前列，是泌尿外科专业硕士学位和博士学位授予权单位及博士后流动站，是中华医学会泌尿外科学分会西南微创泌尿培训中心。科室开展业务覆盖泌尿外科所有亚专业，包括泌尿系肿瘤、前列腺疾病、微创、结石、尿路修复与重建、男科、肾移植、女性泌尿等，在间质性膀胱炎的综合治疗方面具有优势。
第四名：中山大学孙逸仙纪念医院-泌尿外科
中山大学孙逸仙纪念医院泌尿外科简称“仙尿科”，是中国泌尿外科发源地。在这里开展了我国第一例膀胱切开取石术、中国第一例经尿道碎石术、中国医院专科声誉排行榜中排名第五，华南第一（2019年发布），现为国家临床重点专科、广东省医学重点学科，是中华医学会泌尿外科学分会主委、广东省医学会泌尿外科学分会侯任主委单位、广东省泌尿外科临床研究中心等。科室专业涵盖肿瘤、微创、结石、前列腺与下尿路疾病、移植、男科、小儿泌尿共8个亚专科，在间质性膀胱炎、泌尿系统肿瘤、结石方面达到国内领先水平。
第五名：华中科技大学同济医学院附属同济医院-泌尿外科
华中科技大学同济医学院附属同济医院泌尿外科目前已设置泌尿系结石、微创新技术、泌尿系肿瘤、男科、尿控、前列腺疾病、激光治疗、泌尿系重建、快速康复、转化医学十个亚专业方向。有湖北省泌尿外科研究所、同济医院泌尿外科研究所两个实验室及4个临床中心，包括武汉市泌尿系结石临床医学研究中心、湖北省泌尿外科微创治疗临床医学研究中心、中国泌尿系结石联盟、中国泌尿系结石防治总基地。目前常规开展业务包括前列腺癌根治术、膀胱癌根治术、肾部分切除术、UPJO成型术、尿道狭窄等多种手术类型，擅长间质性膀胱炎、尿道炎等，位居国内前列，在国内处于领先地位。