阜阳市第二人民医院擅长感染科、呼吸与危重症医学科、心血管内科、肾内科、结核病科，上述科室均是市级或省级重点专科，具有明显的专家优势，拥有高超的诊疗水平，患者可根据实际情况选择合适的科室就诊。
1、感染科
是阜阳市第四周期临床特色学科，是阜阳市感染病医疗、预防、教学与研究基地，也是阜阳市感染病医疗质量控制中心靠挂单位。科室配备监护仪、亚低温治疗仪、呼吸机、床旁摄片机、血液滤过仪等诊疗设备，擅长诊治艾滋病、手足口病、肾病综合征、出血热、破伤风等各类感染性疾病。
2、呼吸与危重症医学科
是安徽省“十二五”临床医学重点培育专科，现已成为阜阳市呼吸系统疾病预防、治疗、教学、科研中心，目前也是阜阳市医学会呼吸病学分会和阜阳市医学会抗菌药物学分会的主委单位。在慢性阻塞性肺病、肺癌、肺部感染等方面，具有较高的学术理论水平和丰富的临床经验，尤其是机械通气技术、肺穿刺活检技术、支气管镜诊疗技术等处于市内领先水平。
3、心血管内科
为阜阳市临床医学重点培育专科。拥有西门子大型C型臂、食道调搏仪、多导电生理仪等设备。主治冠心病、心衰、高血压病、高脂血症等常见病，特别是急性心肌梗死的介入治疗，冠状动脉造影术、冠心病支架植入术、心律失常起搏器安装等技术达市内先进水平，国内接轨。
4、肾内科
是安徽省“十三五”医疗卫生重点培育专科、阜阳市医学会肾病学专科分会主任委员挂靠单位，在皖西北地区肾脏病专业中处于龙头地位。科室建立了规范化的阜阳市腹膜透析中心，规模居全省第三位。拥有全省建立较早、皖西北地区规模最大的血液净化中心。并与北京大学人民医院肾内科建立协作关系，使肾病患者享受国内先进的诊治水平。
5、结核病科
是阜阳市临床医学重点学科，是“安徽省‘十二五’首批临床医学重点培育专科”、阜阳市防痨协会和阜阳市医学会结核病学分会的靠挂单位。拥有先进的诊疗设备，常规开展各型肺结核的诊疗，在难治性重症肺结核、耐多药肺结核等疾病的治疗方面具有较强的专科优势。现在已开展CT引导下经皮穿刺肺活检术等，提高了肺部疑难疾病的鉴别诊断和治疗水平。