新疆维吾尔自治区中医医院擅长的科室有骨科、心脏内科、中西结合皮肤病专科、针灸科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、骨科
新疆维吾尔自治区中医医院骨科，是集医疗、教学与科研为一体的国家中医药管理局重点学科，国家中医药管理局临床重点专科，国家“十一五、十二五”重点专科建设单位。科室在肢体严重创伤的急、危、重症救治方面积累了丰富经验，形成了以四肢骨关节损伤及其并发症的治疗为技术特色，在严重肢体外伤性或发育性畸形的外科矫形、顽固性骨髓炎（感染性骨缺损）的治疗、严重骨与关节损伤的治疗方面具有明显的技术优势，部分技术处于国内领先或先进水平。
2、心脏内科
新疆维吾尔自治区中医医院心脏内科是国家卫健委“国家临床重点专科”，国家中医药管理局“区域中医诊疗中心”和“中医心病学重点学科”及“十五、十一五、十二五”重点专科。科室拥有国内一流的心脏导管室，设立CIC心电监护系统，建立了冠心病胸痛绿色通道，收治患者中危重疑难患者比例达85%以上，已开展的现代医疗技术种类涵盖了心血管相关所有介入手术，能够满足各种心脏介入治疗的需要，能有效开展冠心病介入治疗和危重病症抢救。
3、中西结合皮肤病专科
新疆维吾尔自治区中医医院中西结合皮肤病专科，在2012年成为国家中医药管理局“十二五”重点专科及重点学科；2014年成为卫生部“国家临床重点专科（中医专业）”。秉承中医药治疗皮肤疾病的理念，坚持发挥中医药特色，倡导中医内治、外治结合的方法，尤其重视中医非药物疗法的运用，并制定数十个优势病种中医综合诊疗方案运用于临床，特色突出，疗效显著。
4、针灸科
新疆维吾尔自治区中医医院针灸科为新疆自治区重点学科，国家“十二五”重点专科，有针灸一科和针灸二科。针灸一科在针灸治疗面瘫、中风、各种痛症等领域形成了一定的特色和优势；针灸二科综合治疗急性腰扭伤、运动性软组织损伤、颈椎病、腰椎间盘突出症、肩关节痛、膝关节退行性变、面瘫、截瘫、各种神经损伤、肥胖病、失眠、头痛、偏头痛、亚健康、月经病等疾病疗效显著。
