上海儿童神经内科比较好的医院有复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心、上海交通大学医学院附属新华医院等。其中，复旦大学附属儿科医院神经内科是“全国儿科神经发育障碍及危重症疑难复杂及罕见的临床诊治与研究中心”。上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心神经内科是全国成立最早的儿科神经专业之一。上海交通大学医学院附属新华医院小儿神经内科在小儿神经系统各类疾病的诊治上具有丰富的临床经验和完善的辅助检查手段。
第一名：复旦大学附属儿科医院-神经内科
复旦大学附属儿科医院神经内科是当时全国成立最早的儿科神经专业之一，神经内科医疗水平与学科建设在临床服务、科研教学、人才培养等方面不断发展，成为具有鲜明专科特色、高质量临床与转化研究水平和坚实梯队结构的小儿神经专业队伍。成为“全国儿科神经发育障碍及危重症疑难复杂及罕见的临床诊治与研究中心”、“全国儿科神经专业人才培养的重要基地”。
第二名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心-神经内科
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心神经内科是全国成立最早的儿科神经专业之一，主要擅长诊治热性惊厥、胃肠炎伴惊厥、癫痫等各种惊厥性疾病，抽动症、头痛头晕等发作性疾病，病毒性脑炎、化脓性和真菌性脑膜炎、免疫性脑炎及感染相关性脑病，重症肌无力，脑性瘫痪及其他类型瘫痪，智力、运动、语言发育落后，肌营养不良等肌肉病，线粒体脑肌病等。
第三名：上海交通大学医学院附属新华医院-小儿神经内科
上海交通大学医学院附属新华医院小儿神经内科由我国小儿神经学术领域颇具学术威望的汪梅先教授亲手创建，在小儿神经系统各类疾病的诊治上具有丰富的临床经验和完善的辅助检查手段，在癫痫、热性惊厥、脑性瘫痪、中枢神经系统感染性疾病、脊髓疾病、周围神经病和脑血管病等积累了较多的成熟临床经验。
第四名：上海市儿童医院-神经内科
上海市儿童医院的神经内科，已发展为集临床，教学，科研于一体的国内一流的专业科室，在神经遗传性疾病，遗传代谢病与神经免疫性疾病的诊断和治疗等领域趋于国际先进水平。诊疗儿童神经系统各种疾病，特别是癫痫、婴儿痉挛症、各种神经遗传性疾病、神经肌病、线粒体脑肌病、神经系统各种急慢性感染、神经精神发育迟缓等。已经成为国内小儿神经疑难疾病的诊断中心。
第五名：上海交通大学医学院附属仁济医院-儿科
上海交通大学医学院附属仁济医院儿科医务人员临床经验丰富，涉及领域由原先单一的感染性疾病，先后扩展至儿童保健、血液、肾脏、心血管、消化、中西医结合、风湿免疫、变态反应疾病等不同亚专业。目前仁济儿科形成以儿童风湿和过敏为诊疗特色。
第六名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-儿科
上海交通大学附属第九人民医院儿科是集医疗、教学和科研为一体的儿科综合性科室，在临床医疗、学科建设、科学研究及人才培养等方面取得了飞速发展和进步，积累了丰富的临床经验，拥有先进的医疗设备和雄厚的技术人才力量。
第七名：上海市第六人民医院-儿科
上海市第六人民医院儿科是为儿童提供全天候服务的三级甲等医院综合性科室，拥有完善的医疗服务质量和就医环境，为广大患儿的康复提供了强有力的保证，在儿科癫痫的诊断及治疗、儿科高热惊厥的防治、儿科心理行为的诊断及治疗等方面积累了丰富的经验。
第八名：上海长海医院-儿科
上海长海医院儿科属三级甲等综合性医院的专业科室集科研、临床和教学于一体，在儿科界已赢得了自己的一席之地，建立起了许多儿科疾病的诊疗特色，在医、教、研等方面取得了长足的进步，组成了一支技术过硬的专业团队，在全国具有较高的学术地位。
第九名：上海市第一人民医院-儿科
上海市第一人民医院儿科是医院特色重点学科，由著名儿科专家陈鸿达教授创建，是国内最早的儿科专业的临床、科研和培训基地之一，曾享誉海内外，有着悠久的历史与优良的文化传承。科室现有一支结构合理的医疗人才梯队，致力于过敏性疾病、矮小症、性早熟、肥胖等内分泌疾病的早期干预。