甘肃中医药大学附属医院擅长的科室有针灸治疗中心、儿科、肾病科、肛肠科、骨科等。
1、针灸治疗中心
甘肃中医药大学附属医院针灸治疗中心建科于1992年，现为国家临床重点专科、国家中医药管理局重点学科、全国针灸临床中心甘肃分中心、甘肃省针灸推拿临床医学中心、国家中医药管理局中医学术流派传承推广基地-甘肃郑氏针法学术流派传承工作室、面瘫治疗专科、甘肃省针刀医学临床示范基地、甘肃省穴位埋线临床基地。
2、儿科
甘肃中医药大学附属医院儿科创建于1992年，是以中医为特色，中西医结合全面发展的综合科室。现为国家中医药管理局重点专科，省级重点中医药专科，兰大一院合作科室。科室一贯注重专科专病建设，以突出中医特色走中西医结合发展的道路为方向，经过十几年不懈的努力，现已成为西北地区最具规模的医疗、教学、科研基地。
3、肾病科
甘肃中医药大学附属医院肾病科于2004年建科，经过科室医务人员的不懈努力，现已成为甘肃省中医药管理局首批重点中医药专科、甘肃省中西医结合肾病治疗中心、甘肃省医疗卫生重点专科、中西结合临床研究室、国家中医药管理局中医药科研二级实验室、北京中西医结合肾脏疑难病会诊中心甘肃分中心、敦煌医学与转化省部共建教育部重点实验室（肾病临床研究室）。
4、肛肠科
甘肃中医药大学附属医院肛肠科是在痔瘘科的基础上建立的，经过多年几代人的努力发展，科室现拥有专业的技术队伍，集临床、科研、教学为一体，是省级重点专科，在省内外有较高的声望，每年诊治大量来自全省各地及部分外省市的肛肠疾病患者。科室发挥中医护理特色，中药坐浴、换药、配合针灸、手术过程中音乐安抚等方法，减轻患者痛苦，使患者尽早康复痊愈。
5、骨科
甘肃中医药大学附属医院骨科，是国家中医药管理局重点专科建设单位、甘肃省教育厅重点学科、甘肃省中医药管理局重点专科。科室继承中医传统特色，以国际先进的AO理论为基础，充分发挥中西医结合特长，采用手法复位，小夹板固定治疗桡骨远端骨折，对复杂四肢、关节、脊柱、骨盆骨折采用手术治疗，获得良好的疗效。