全国治疗甲亢突眼比较好的医院是上海交通大学医学院附属瑞金医院、北京协和医院、中国人民解放军总医院，上海交通大学医学院附属瑞金医院内分泌科是国家重点建设学科、国家卫生部内分泌代谢病重点实验室，也是国内最主要的内分泌代谢专业医师进修基地之一。北京协和医院内分泌科是国家重点学科；中国人民解放军总医院内分泌科是目前国内最大的内分泌中心之一。
第一名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-内分泌科
上海交通大学医学院附属瑞金医院内分泌科是国家重点建设学科、国家卫生部内分泌代谢病重点实验室、上海市内分泌代谢病临床质控中心，也是国内最主要的内分泌代谢专业医师进修基地之一。学科为国内最主要的内分泌代谢研究中心之一，且在许多方面形成自己的特色，与国际先进水平同步发展。擅长糖尿病、甲亢突眼、糖尿病足等的治疗，同时拥有电化学发光检测仪、γ计数器等一大批大型仪器设备，不仅满足中心的需求，还向中心外开放。
第二名：北京协和医院-内分泌科
北京协和医院内分泌科是国家重点学科。科室始终保持全方位的研究方向，是全国内分泌学科中最完整、最全面的科室。内分泌科研究方向包括垂体疾病、甲状腺疾病、糖尿病、甲状旁腺疾病及骨质病、肾上腺疾病和性腺疾病等。研究涉及流行病学、临床医学和基础医学各个层面，科室学术水平一直处于国内领先地位。专科门诊包括糖尿病、甲状腺、肾上腺、代谢性骨病、垂体和性腺疾病等6个，直接为临床科研服务。
第三名：中国人民解放军总医院-内分泌科
中国人民解放军总医院内分泌科，是目前国内最大的集医疗、教学、科研、保健于一体的内分泌中心之一。在国内以内分泌代谢性疾病中少见病和疑难病的诊治见长，享有很高声誉。到目前为止，在国内首次诊断的新病种有9个。擅长糖尿病的早期诊断与防治、甲状腺疾病的诊断治疗（包括甲状腺机能亢进和减退、各种甲状腺炎症和结节、肿瘤以及内分泌突眼的诊断治疗等），具有优势。
第四名：中南大学湘雅二医院-代谢内分泌学科
中南大学湘雅二医院代谢内分泌学科为内分泌与代谢病学国家重点学科、国家临床重点建设专科，是糖尿病免疫学教育部重点实验室、国家代谢性疾病临床医学研究中心、代谢性骨病学湖南省重点实验室、院士工作站。设有内分泌专科、糖尿病专科门诊和骨质疏松症、肥胖与代谢综合征、甲状腺疾病、遗传内分泌病、1型糖尿病、下丘脑-垂体疾病、肾上腺疾病、性腺疾病等专病门诊，年诊断罕见疑难病例50例以上。该研究所以糖尿病、代谢性骨病、甲亢突眼和遗传性内分泌代谢病为主要研究方向，在糖尿病分型诊断与治疗、骨质疏松症早期诊断与治疗方面居国内领先地位，达到国际先进水平。
第五名：中国医科大学附属第一医院-内分泌与代谢病科
中国医科大学附属第一医院内分泌与代谢病科为国家重点学科、省部共建国家重点实验室培育基地、国家临床重点专科建设项目。在复旦大学中国最佳专科声誉排行榜中，连续5年位居全国第七位，东北地区第一位。学科在甲状腺疾病的流行病学和临床诊治方面位居全国的领先地位，擅长甲亢突眼的治疗，创建和完善了一整套甲状腺疾病诊治规范。本学科是我国最早开展糖尿病教育、糖尿病治疗方法临床和基础研究的科室之一，在糖尿病大血管并发症、糖尿病肾病、代谢综合征等发病机制和诊断治疗方面具有明显的特色。
