保定市第二中心医院擅长神经内科、呼吸内科、胸外科、骨科、新生儿科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、神经内科
保定市第二中心医院神经内科为集医、教、研、防为一体的综合学科，为保定市首批医学重点学科、国家脑卒中筛查与防治基地、中国卒中中心联盟单位，成为保定市最早的一所国家级高级卒中中心。科室依托先进的神经系统检测治疗设备，丰富的临床经验，诊疗技术已经达到了国内先进水平。科室在常规专科水平不断提高的基础上，不断开展新技术、新项目，在一些国内外先进诊疗技术方面取得了长足的进步，在脑血管病的诊治方面达到国内领先水平。
2、呼吸内科
保定市第二中心医院呼吸内科是保定市最早单独成立的专业科室之一，是中华医学会呼吸罕见病成员单位、北京应急总医院呼吸内镜合作中心。主要担负呼吸系统常见病、多发病及呼吸危重症的诊疗与护理工作。科室配备有多条奥林帕斯呼吸内镜、耶格肺功能检查仪、多导睡眠呼吸监测仪及无创呼吸机。较早在保定市引进并开展内科胸腔镜诊疗技术，2013年较早在保定市开展经支气管镜二氧化碳冷冻、氩气刀、气管内药物注射及经支气管镜肺活检等介入呼吸病学诊疗项目，在保定市呼吸内镜介入治疗方面处于领先。
3、胸外科
保定市第二中心医院胸外科，开展脓胸的纤维板剥脱术，胸廓改形术，食道癌根治术，高位食道癌颈、胸、腹三切口手术，结肠代食道术，肺癌肺叶切除、全肺切除术，心包内全肺切除，肺叶袖状切除，胸壁肿瘤大块切除人工材料修补，心脏穿通伤心肌修补，贲门失弛缓症肌层切开+膈肌瓣成形术等。
4、骨科
保定市第二中心医院骨科是保定市重点学科、重点专科。先后加入积水潭骨科研究联盟、河北省创伤联盟、北京大学第三医院骨科专科医联体，实现了人才培养、定期学术交流、专家会诊及手术等多项合作内容。科室目前拥有优势有人工膝关节单髁表面置换术、经皮椎体成形术等，均达到国内领先水平。目前拥有进口关节镜设备、空气波压力循环治疗仪等设备，可满足临床诊疗及康复需求。
5、新生儿科
保定市第二中心医院新生儿科，是保定市重点学科，拥有双水平无创呼吸机、常频呼吸机、高频呼吸机、常高一体呼吸机、调控治疗仪、强蓝光治疗仪、双面蓝光箱等设备。能够开展包括经脐静脉置管、外周中心静脉置管、腰穿术、胸穿术等技术操作。在极低、超低出生体重儿的系统管理方面积累了丰富的临床经验。