徐州市中医院擅长心血管科、针灸脑病科、皮肤科、肛肠科、肾病风湿科，这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、心血管科
为淮海经济区唯一一家国家级中医临床重点专科、江苏省重点中医临床专科、江苏省示范中医临床专科，是淮海地区最大的中医及中西医结合心血管诊治中心。科室主治冠心病、高血压病、高脂血症、心律失常、急慢性心功能不全等疾病。在急性心肌梗死、心源性休克、恶性心律失常等心血管危重病的救治方面，积累了丰富的中西医结合抢救经验。
2、针灸脑病科
为十二五国家中医管理局中医临床重点专科建设单位、江苏省中医临床重点专科、徐州市中西医结合脑病诊疗中心。设有针灸门诊、普病专家门诊、专病门诊、心理咨询门诊等。开展30余种中医特色优势技术包括普通针刺、头皮针、皮针、腹针等治疗各类疾病。
3、皮肤科
是江苏省中医重点临床专科建设单位，是徐州市成立最早的、也是唯一的一家以中医药及中西医结合方法治疗各种皮肤病的专门科室，为市中医院的特色科室之一，承担着中医皮肤病的临床、教学和科研工作。科室门诊开设真菌检测室、过敏原检测室等，收治各种复杂疑难的皮肤科病人。
4、肛肠科
为首批江苏省重点学科、江苏省临床重点专科、国家重点学科协作单位。该科室是苏北地区乃至淮海经济区集信息资料采集、医疗、科研、教学及硬件设备为一体，具有中医、中西医结合特点的肛肠病防治中心。
5、肾病风湿科
为江苏省重点专科，该科长期致力于对急进性肾炎、慢性肾炎、肾病综合征等原发性肾脏疾病以及系统性红斑狼疮、糖尿病肾病等继发性肾脏疾病的中西医结合治疗。科室充分发扬中医和西医两种医疗体系的优势，在此基础上开发了多种中药自制制剂，取得满意的疗效。
