东莞市妇幼保健院擅长儿童保健科、产科、新生儿内科、儿童重症医学科、儿童康复科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、儿童保健科
是东莞市临床重点学科、广东省首批儿童早期发展示范基地、广东省首批儿童心理卫生保健示范单位，科室拥有雄厚的技术力量、先进的技术设备，担负着全市儿童保健业务的规划、指导、培训的工作，并为全市儿童提供全方位、多层次的优质服务。
2、产科
被评为东莞市重点专科，是一个集临床、教学、科研、妇幼保健于一体的科室，其技术力量雄厚，专科齐全，出诊专家均为妇产科副主任及以上职称医师，具有丰富的妇产科诊疗经验。
3、新生儿内科
目前是东莞地区规模最大的新生儿救治护理中心，是东莞市临床重点专科、广东省危重新生儿护理抢救中心东莞分中心，专业的发展达到国内先进水平，在本地区乃至全省均具有较高的学术地位，享有较高的声誉。
4、儿童重症医学科
是东莞市首家儿童重症监护病房、东莞市医学重点学科，承担全院儿童危重症抢救和围手术期监护支持治疗，并负责本市各镇区及周边地区危重患儿的运转工作，现已成为东莞地区最具影响力的儿童重症专业队伍。
5、儿童康复科
是东莞市医疗机构内首家成立儿童康复医学专科，获东莞市临床重点康复医学科称号，是广东省康复医学会团体会员单位、东莞市中医学会中西医康复专业委员会副主委单位，其中中西医结合的整体康复是本学科突出的专科特色。