乌鲁木齐妇科医院有新疆维吾尔自治区人民医院、新疆医科大学第一附属医院、新疆医科大学第二附属医院等。其中新疆维吾尔自治区人民医院的妇科主要致力于妇科疾病的研究和临床诊治工作，在妇科微创手术方面有很大发展；新疆医科大学第一附属医院的妇科拥有阴道镜、宫腔镜等先进设备，且将其高效率的应用于临床；新疆医科大学第二附属医院的妇产科近5年主持自治区级项目6项，多次承办国家级及省部级学习班及学术研讨会。
第一名：新疆维吾尔自治区人民医院-妇科
新疆维吾尔自治区人民医院妇科，主要致力于妇科疾病的研究和临床诊治工作。主要以诊治各类妇科疑难病症为主，其特色主要是妇科各类肿瘤的诊治，妇科微创手术，妇科内分泌诊治，妇科不孕不育诊治。率先开展了腹腔镜下筋膜内全子宫切除术，子宫肌瘤挖除术，卵巢巧克力囊肿剥除术，宫外孕取胚及介入和不孕症的诊断和治疗，同时开展了宫腔镜对子宫内膜病变的诊断操作，使妇科微创手术有了更大发展，全疆许多患者慕名来妇科治疗。
第二名：新疆医科大学第一附属医院-妇科
新疆医科大学第一附属医院妇科，拥有阴道镜、宫腔镜、腹腔镜、盆底功能治疗仪、自凝刀、微波、臭氧治疗仪等先进设备，且高效率的应用于临床。科室有四个亚专业：妇科肿瘤、妇科内分泌、普通妇科、妇科腔镜组。目前手术包括：所有普妇手术、卵巢癌减灭手术、子宫内膜癌及宫颈癌的根治性手术及盆腔淋巴结清扫术等。
第三名：新疆医科大学第二附属医院-妇产科
新疆医科大学第二附属医院妇产科，在普通妇科，妇科肿瘤，妇科内分泌，女性盆底功能障碍性疾病、计划生育等亚专科方面均具有明显学科优势。近5年主持自治区级项目6项，拥有专利4项，发表SCI及核心期刊30余篇，参编著作教材3部。多次承办国家级及省部级学习班及学术研讨会。
第四名：新疆医科大学第五附属医院-妇科
新疆医科大学第五附属医院妇科为自治区重点专科，全球超声无创治疗良恶性肿瘤技术产业化临床示范基地、子宫良性疾病超声治疗产业推广中心、外阴、宫颈疾病治疗培训中心。妇科团队将微、无创诊断及治疗技术在妇科各个领域中深入应用，手术治疗方法主要采用腔镜为主的微创方式，可成熟开展妇科恶性肿瘤手术治疗，包括：腹腔镜下四级内镜手术（宫颈癌、子宫内膜癌根治术）、宫腔镜下重度宫腔粘连、宫腔镜下II型粘膜下肌瘤切除术等。
第五名：新疆生产建设兵团总医院-妇产科
新疆生产建设兵团总医院妇产科擅长妇产科常见病、多发病的诊治，开展盆底障碍性疾病的诊疗及手术，阴式子宫切除术及双附件切除术、妇科恶性肿瘤综合治疗、宫腔镜及电切、LEEP刀宫颈锥切术，运用微创技术治疗卵巢囊肿、子宫肌瘤、子宫腺肌症、子宫内膜异位症、子宫内膜癌、宫颈癌、卵巢癌、不孕症等疾病。