湖南中医药大学第一附属医院擅长的科室有风湿免疫科、心血管科、针灸科、肝病科/感染性疾病科、眼科等。
1、风湿免疫科
湖南中医药大学第一附属医院妇产科，是集医疗、教学、科研和预防保健于一体，以中医药诊治妇产科疾病为主要特色。系国家中医药管理局区域中医（专科）诊疗中心、国家中医药管理局重点学科、湖南省中医重点专科、原卫生部妇科内镜培训基地、湖南中医药大学中医学一流学科、中华中医药学会中医妇科分会名誉主任委员单位等。是湖南省内首家“卫生部妇科内镜培训中心”，湖南中医药大学第一附属医院为省内首批爱婴医院之一。
2、心血管科
湖南中医药大学第一附属医院心血管科，是国家中医药管理局“十一五”、“十二五”重点中医专科建设单位，2012年国家卫生部临床重点专科建设单位，为湖南省中西医结合心脏病诊疗中心和湖南省心病中医医疗质量控制中心，拥有国家三级科研中药药理(心血管)实验室，为中医内科学博士后流动站临床基地。诊疗设备先进齐全，中医特色鲜明，研制了系列口服自制药、中药透皮疗法和隔药饼灸等特色疗法。
3、针灸科
湖南中医药大学第一附属医院针灸科，是医院最具中医特色的科室之一，是湖南省针灸临床、教学、科研的中心基地及国际针灸培训基地。针灸科设有针灸门诊、针灸病房、瘫痪疾病中医治疗康复专科、针灸减肥美容专科和针灸治疗学教研室等五个部门，开展了针刺、艾灸（隔物灸）、温针灸、火罐、头皮针、耳针、眼针、电针等传统针灸项目，以及穴位埋线疗法、自血穴位注射疗法、蜂疗、平衡针灸疗法等针灸特色疗法项目。
4、肝病科/感染性疾病科
湖南中医药大学第一附属医院肝病科/感染性疾病科是国家临床重点专科，集医疗、科研、教学和新药开发与临床研究于一体，设有单独的门诊(肝病、肠道、发热门诊)、病区和实验室，规模居全国同类医院的前列。在中医药治疗慢性乙型肝炎、慢性重型肝炎等领域处于国内领先水平，为国内重要的肝病中医医疗、科研、教学和继续教育基地。
5、眼科
湖南中医药大学第一附属医院眼科，已经成为我国中医医疗系统中师资力量雄厚、医疗技术精湛、诊疗设备较先进、科研实力较强、国内领先的中医及中西医结合眼科诊疗中心。是国家中医药传承创新中心研究任务承担科室、国家区域中医（专科）诊疗中心、国家临床重点专科、中央财政专项支持重点学科、国家中医药管理局重点学科及重点专科等。眼科在中医药防治青光眼、眼表疾病、眼底病等方面取得了显著成绩。