北京小儿普外科医院排名靠前的是首都医科大学附属北京儿童医院、北京大学第一医院、首都儿科研究所附属儿童医院。
首都医科大学附属北京儿童医院国家临床重点专科，专科声誉全国排名第一。北京大学第一医院集儿内科、小儿外科于一体的综合顶尖儿科，小儿脑积水诊疗国际领先、普外微创技术达国际水平。首都儿科研究所附属儿童医院国家重点专科，全国小儿微创外科治疗中心、团队规模与诊疗保障能力雄厚。
1.首都医科大学附属北京儿童医院 普外科
由中国小儿外科创始人、工程院院士张金哲教授创立，是国内最早的小儿外科专业之一，为医院国家临床重点专科核心组成、北京市重点学科，《中国医院专科声誉排行榜》小儿外科常年全国第一。学科带头人为博导陈亚军教授，核心聚焦先天性肛门直肠畸形、先天性胆总管囊肿、胆道闭锁、门脉高压及小儿腹部外科复杂疑难病症诊治。
是国内承接外院术后严重并发症、多次手术效果不佳患儿的攻坚最后一站。科研教学成果丰硕，承担国家自然科学基金、攻关课题等，成果获北京市科技进步奖、宋庆龄儿科医学奖等，主编《张金哲小儿外科学》等多部经典专著，是国内最早的儿科学硕博授予单位和博士后流动站。
2.北京大学第一医院 儿科
是国内现代儿科发展的重要发源地，综合医教研实力顶尖，多亚专业达国际领先水平。是我国最早的现代儿内科之一，国家首批博士点、博士后流动站，连续获评国家重点学科，重症、肾脏专业分别获批国家临床重点专科、中国首个国际儿科肾脏病学会培训中心，还是北京市危重症新生儿抢救转会诊中心。
全国儿童血液病定点医院等。在儿童重症、肾脏疾病、血液病、心血管疾病、营养障碍等领域诊治水平国内领先，承担大量国家级科研课题与人才培养任务。
3.首都儿科研究所附属儿童医院 普外科
为国家重点专科，是国家“十一五”科技支撑计划、卫计委卫生行业专项先天重大畸形攻关课题牵头单位，同时为全国小儿微创外科治疗中心、疑难危重患儿治疗中心，承担北大医学部、北京协和医学院等教学及研究生培养工作，是北京市住院医师规范化培训基地。
诊疗设备与保障体系完善，开展腹腔镜/胸腔镜微创、胃肠镜/ERCP内镜治疗，配备新生儿/儿童外科重症监护设备、静脉中心置管体系，开设危重患儿转运绿色通道。核心擅长小儿普外/新生儿外科疾病的微创诊治，对先天重大畸形、小儿腹部肿瘤、新生儿急腹症等疑难危重病症的救治经验丰富，微创技术应用范围广、疗效佳。
4.北京协和医院 儿科
是中国现代儿科的发祥地，孕育了多位儿科奠基人和学科大家，为集医疗、教学、科研于一体的综合性儿科，依托协和医院全国疑难重症诊治指导中心的综合优势，在早产儿救治、儿童遗传病、罕见病及各类儿科疑难疾病的诊断与治疗方面享誉国内。
科室分七大专业组，各专业均保持行业高水平，可为疑难病、罕见病患儿精准明确诊断并制定个体化治疗方案，多次获各级医疗科研成果奖励，同时承担大量儿科高端人才培养和国家级科研课题，是国内儿科疑难病诊治的重要平台。
5.中国人民解放军总医院 小儿外科
由马承宣教授等创立，分小儿普外（含肝胆、泌外）、小儿骨科两大专业组，是全军儿外科领域的重要科室，小儿普外专业在肛门直肠畸形（尤其肛门失禁）诊治方面国内领先，小儿肿瘤、肝胆疾病、肾积水等成为新特色；小儿骨科是国内较早成立的专科。
在先天性髋关节脱位、儿童股骨头缺血性坏死、先天性马蹄内翻足及四肢骨折等疾病的基础研究与临床治疗方面全国领先，团队成员均有海外进修经历。
