江门市中心医院擅长心血管内科、肿瘤科、消化内科、妇科、生殖医学科。上述科室具有先进的治疗水平，能够为患者提供可靠的诊疗基础和保障。
1、心血管内科
科室紧跟国内外心血管领域的发展方向和变化趋势，临床诊疗水平及学术水平一直处于国内一流位置，为粤西地区心血管诊疗高地。2011年被评为江门市临床重点专科以及江门市中心医院A级临床重点专科，技术力量雄厚。
2、肿瘤科
是以放疗为特色的肿瘤治疗中心，是江门市重点学科，同时也是江门市肿瘤防治中心（江门市肿瘤研究所），拥有一支经验丰富、医疗水平精湛的团队，具有历史长、综合实力强等优势，可以为不同患者制定出最佳的治疗方案。
3、消化内科
是广东省临床重点专科，也是江门市临床重点专科，为全国消化道肿瘤筛查及早诊早治项目协作中心、广东省炎症性肠病联盟单位，是集医、教、研为一体的特色专科，拥有目前珠三角地区最为齐全的进口设备和雄厚的技术力量。
4、妇科
是集临床、教学、科研、预防、健康教育为一体的临床科室，是江门市临床重点专科科室、全国巾帼文明示范岗。各项医疗诊治水平处于江门地区的领先地位，妇科肿瘤的手术化疗等综合治疗、妇科微创内窥镜技术、生殖道畸形诊治和盆底修复技术已跻身省内先进行列。
5、生殖医学科
是集医疗、教学及科研为一体的专业性临床科室，是五邑地区首家通过国家卫生部认证的、正式运行的开展各类辅助生殖技术治疗不孕不育的特色专科，已熟练掌握各类不孕症的临床诊治方法、现代辅助生育技术及实验室操作技术。