根据最新版复旦专科版排行榜，眼科医院排名第一的医院是中山大学中山眼科中心，该中心是国家卫生健康委属委管的眼科专科医院，是唯一的眼科学国家重点实验室依托单位，还是世界卫生组织在中国唯一的眼科合作机构。连续12年在复旦专科版榜眼科排名第一，连续8年在中国眼科科技影响力排名第一。除此之外，眼科医院排名靠前的还有北京同仁医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院，其眼科分别位列全国第二名、第三名。
1、中山大学中山眼科中心-眼科
该中心是国家卫生健康委属委管的眼科专科医院，连续12年在中国眼科专科声誉排名第一，连续8年在中国眼科科技影响力排名第一，是唯一的眼科学国家重点实验室依托单位。它是规模最大的公立眼科医院，是国内首家三甲眼科医院，也是我国最具国际影响力的眼科机构，同时还是世界卫生组织在中国唯一的眼科合作机构。
2、首都医科大学附属北京同仁医院-眼科
该医院眼科是国家卫生计生委临床重点专科、教育部批准的国家重点学科，在国内眼科学界长期占据举足轻重的地位，并在国际上享有一定的影响力。科室组建了国家眼科创新药物研究与评估中心和国家眼科诊断与治疗设备工程研究中心，为眼科药物和设备的研发提供了重要的平台。
3、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院-眼科
该医院眼科是国内领先的眼科中心之一，是集医疗、教学、科研和防盲治盲于一体的重要机构。拥有多个重点实验室和质量控制中心，是卫生部眼科和上海市住院医师规范化培训基地，同时也是上海市红十字会眼库常设机构。
4、浙江大学医学院附属第二医院-眼科
该医院眼科是一所集临床、科研、教学为一体的大型现代化眼科中心，是国家临床重点专科、国家重点（培育）学科。科室硬件设施达到发达国家先进水平，设有10大专业学组，开展全方位的眼科诊疗和手术，水平处于国内领先、国际先进水平。
5、温州医科大学附属眼视光医院-眼科
该医院是浙江省唯一一家三级甲等眼科专科医院，是全国眼科疾病临床医学研究中心。在国际上首次将经典“眼科学”与现代“视光学”有机整合，创建了归属于临床医学教育范畴的眼视光医学专业。在医院科技量值综合排行榜中，连续4年位居全国眼科医院第1。