河北医科大学第二医院擅长的科室有耳鼻喉头颈外科、小儿内科、呼吸内科、神经外科、妇科等。
1、耳鼻喉头颈外科
河北医科大学第二医院耳鼻喉头颈外科具有悠久的历史，是河北省重点学科，河北省临床重点专科，河北省住院医师规范化培养培训基地，卫生部、国家残联贫困聋儿人工耳蜗抢救康复项目定点医院。设有河北省聋儿康复技术指导中心、河北省婴幼儿听力筛查中心两个省级临床诊疗中心，专家人数和临床技术水平都处于省内领先地位。耳鼻咽喉激光与等离子微创手术等领域，始终引领本专业领域的国内先进水平。
2、小儿内科
河北医科大学第二医院小儿内科在1952年创建，带动全省儿科重学发展的规划，全面提高河北省在危重症医学领域的整体水平。新生儿专业是河北医科大学第二医院儿科的重点发展专科，儿科血液肿瘤专业是于上世纪70年代省内最早一批建立专业组，担负着全省血友病患儿的随访及合理化治疗。儿童肾脏、免疫风湿专业创始人是河北省著名儿科肾脏专家耿佩琛教授（享受国务院特殊津贴），是全国儿科中首批分出儿童肾脏专业的科室。
3、呼吸内科
河北医科大学第二医院呼吸内科被卫生部评为国家级重点专科，拥有众多该省呼吸专业的老教授或知名专家，被评为全国呼吸与危重症专业专科医师培训基地，2018年成为全国首批PCCM规范化建设优秀单位其中之一。在呼吸危重症、呼吸衰竭抢救和呼吸支持方面居国内先进、省内领先水平，现已成为河北省呼吸疾病研究所呼吸重症救治中心。
4、神经外科
河北医科大学第二医院神经外科系刘景芳教授开创于1956年，1973年神经外科发展成为独立的科室，开河北省先河，规模在全国名列第四位。现已发展成技术力量雄厚，专业划分精细的临床重点专科，在国内外具有较高的知名度。科室是华北地区的大型神经外科基地之一，已成为国家博士后流动站点，博士、硕士学位培养点，河北省省级医学重点学科，河北省临床重点专科，河北医科大学重点学科，河北医科大学第二医院特色学科。
5、妇科
河北医科大学第二医院妇科自1918年建院成立以来，历经百年发展及几代人的建设已成为河北省规模最大、学科最全、综合实力最强的优秀学科。目前妇科年门急诊量已达13万人次。医疗技术精湛，与国内先进水平保持同步，部分专业国内领先。妇科是河北省首批重点学科，也是河北医科大学首批获得硕士学位授予权的学科，国家临床药理基地，国家妇产疾病临床医学研究中心河北省分中心、河北省妇产疾病临床医学研究中心。