上海风湿免疫科比较厉害的三个医院是上海交通大学医学院附属仁济医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院。
上海交通大学医学院附属仁济医院 风湿病科是国内标杆，复旦专科排名稳居全国前三。上海交通大学医学院附属瑞金医院 风湿免疫科亚专科特色鲜明，科研临床成果突出。复旦大学附属中山医院 风湿免疫科以血管炎诊治为核心，特色技术国内领先。
1、上海交通大学医学院附属仁济医院 风湿病科
创建于1979年，是国内最早开展风湿病研究和诊治的科室之一，国家临床重点专科、上海市重中之重临床医学中心。复旦专科排名稳居全国前三，下设多个科研及临床平台，承担40余项各类临床研究，其中前沿细胞治疗项目超10项。系统性红斑狼疮、皮肌炎等疑难危重症收治量居上海第一。
参与制定多项国内外诊疗指南，与国际知名院校建立长期合作，学术影响力深远。
2、上海交通大学医学院附属瑞金医院 风湿免疫科
成立于2015年，在学科带头人杨程德教授（中华风湿病学会副主任委员）带领下快速发展。重点建设系统性红斑狼疮、抗磷脂综合症等亚专科，是抗磷脂综合征国际联盟委员单位。系统报道中国人群相关疾病临床特点，发现新疾病标志物，承担多项国家自然基金项目，发表多篇高影响力SCI论文，获科技部、教育部等多项科技奖励，医疗与转化研究能力强劲。
3、复旦大学附属中山医院 风湿免疫科
建立于1993年，2011年独立建科，学科带头人姜林娣教授担任多项学术任职。以血管炎为研究重点，较早在国内开展大动脉炎综合诊治，首创相关诊断评价标准，建立个体化治疗平台。牵头发布2部国内首部相关专家共识，获华夏医学科技奖三等奖等多项荣誉，规范各类风湿疾病诊疗，专科排名稳居华东前列，疑难重症诊治辐射华东地区。
4、复旦大学附属华山医院 风湿免疫科
创建于1996年，2005年牵头成立复旦大学风湿免疫过敏性疾病研究中心，是风湿病博士点、博士后流动站及专科医师培训基地。擅长痛风、硬皮病、类风湿关节炎等疾病诊治，职业病诊断质量居国内领先。学科带头人邹和建教授为国际硬皮病临床与科研协作网副主席，牵头开展多项重大科研项目，与国际一流院校建立长期合作，科研与临床水平同步国际。
5、上海交通大学医学院附属第九人民医院 风湿免疫科
创建于2005年，是上海交大医学院硕士培养点，以上海地区排名前列为基础稳步发展。以干燥综合征、强直性脊柱炎等疾病诊治为特色，熟练开展多种关节腔穿刺、微创唇腺活检等技术，率先在上海开展生物制剂治疗难治性风湿疾病并成效显著。承担多项国家自然基金及省市级课题，发表80余篇核心及SCI论文，逐步打造干燥综合征特色学科优势。
