内蒙古医院排名前十名有内蒙古医科大学附属医院、内蒙古自治区人民医院、内蒙古林业总医院等数家。其中内蒙古医科大学附属医院现有国家临床重点建设专科3个，以多学科综合优势强大享誉内蒙古；内蒙古自治区人民医院攻克了许多疑难杂症和多项疑难手术，填补了许多自治区医学空白；内蒙古林业总医院先后获得“全国卫生系统先进集体”、“全国百姓放心示范医院”等荣誉称号。
第一名：内蒙古医科大学附属医院
内蒙古医科大学附属医院，是内蒙古自治区最早建立的综合性医院之一，以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉内蒙古，是一所承担着医疗、急救、教学、科研、预防、保健和康复任务的三级甲等医院。医院现有国家临床重点建设专科3个，分别是神经外科学、普通外科学和蒙医科学。
第二名：内蒙古自治区人民医院
内蒙古自治区人民医院，现已成为集医疗、科研、教学、预防、保健、急救为一体的全区最大的“三级甲等”综合性医院。除诊治常见病、多发病、地方病、职业病外，积极运用高、精、尖技术，攻克了许多疑难杂症和多项疑难手术，填补了许多自治区医学空白。如已开展的异体肝移植手术、肾移植手术、心内介入技术、分子治疗技术、心脏瓣膜置换术等。
第三名：内蒙古林业总医院
内蒙古林业总医院是位于祖国最北端的国家三级甲等医院，是一所集医疗、教学、科研、保健、预防、康复、社区服务为一体的大型现代化综合医院。近年来曾先后获得“全国卫生系统先进集体”、“全国百姓放心示范医院”等荣誉称号。临床、医技科室40个，脑炎科（神经内科）为内蒙古自治区医学领先学科，内分泌科为内蒙古自治区医学重点学科。
第四名：兴安盟人民医院
兴安盟人民医院，是盟内唯一一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的三级甲等综合性医院，开展急性脑血管病诊疗术、颅内外血管搭桥、房颤射频消融术、肿瘤消融治疗技术、肿瘤深部热疗术、胸腔镜、腹腔镜、宫腔镜技术、胸腹主动脉瘤修补术、玻璃体视网膜手术、断指及断肢再植术、心脏介入治疗、血浆置换术、持续床旁血液滤过等多项技术位居自治区先进行列。
第五名：内蒙古包钢医院
内蒙古包钢医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复于一体的综合性三级甲等医院，拥有包头市唯一的生殖医学中心。医院在“器官移植、创伤及危重症救治、肿瘤综合治疗、康复医学和社区卫生服务”等方面形成优势和特色，是国家卫健委批准的内蒙古自治区唯一可以开展肝、肾及小肠与胰腺移植的医院。
第六名：呼伦贝尔市人民医院
呼伦贝尔市人民医院，是一所综合性三级甲等医院。医院设有心内科、呼吸内科、消化内科、肾内科、急诊科、血液内科、风湿免疫科、肿瘤内科、内分泌科、儿科、神经内科、皮肤科、中医科、重症医学科、新生儿科、骨科、胸外科、泌尿外科、神经外科、普外科、老年病科、干部保健科、感染性疾病科等临床和医技科室。
第七名：内蒙古自治区国际蒙医医院
内蒙古自治区国际蒙医医院，是目前国际上规模最大的三级甲等蒙医综合医院，是我国首家以蒙医药医疗为主的集医疗、科研、教学、预防、保健、康复、急救、制剂为一体的现代化蒙医综合医院。蒙医特色专科技术及应用于临床的300余种院内制剂在治疗心血管、脑血管、血液病、骨折、颈椎病、腰椎间盘突出症、风湿性关节炎、各类皮肤病、抑郁症、肿瘤等疑难疾病方面疗效显着。
第八名：赤峰市医院
赤峰市医院是赤峰地区最早的集医疗、教学、科研、康复和预防保健于一体的综合性三级甲等公立医院。医院设置临床和医技科室55个，其中自治区重点学科2个，自治区专科质控中心3个，市级领先学科10个，市级重点学科10个，市级专科质控中心26个。拥有东北地区首台APEX-CT、蒙东首个装配滑轨CT和DSA的复合手术室等大中型诊断治疗设备数百台，能够充分满足临床诊疗和教学科研的需要。
第九名：鄂尔多斯市中心医院
鄂尔多斯市中心医院，是鄂尔多斯唯一的三级甲等综合医院，是内蒙古医科大学临床医学院，成立了内蒙古自治区超声影像研究所，是自治区超声质量控制中心，拥有国家级临床重点建设专科重症医学科和自治区领先学科超声医学科。建立了国家消化疾病临床医学研究中心分中心、京蒙合作消化疾病医疗中心、胸痛中心、心衰中心、头痛中心、卒中中心。影像医学、超声医学等专业水平居于自治区先进地位。
第十名：内蒙古自治区精神卫生中心
内蒙古自治区精神卫生中心是省级三级甲等精神疾病专科医院，现已成为自治区建院最早、人才聚集、技术力量雄厚，集精神疾病预防、诊断、治疗、康复、教学、科研于一体的精神疾病医疗机构，承担全区精神卫生工作的规划制定、业务指导、人员培训、督导考核等任务，服务范围覆盖全区及西北、华北、蒙古国部分地区。