淮安市第一人民医院擅长的科室有血液科、胃肠外科、甲乳外科、肝胆胰外科、肿瘤内科等。
1、血液科
淮安市第一人民医院血液科，能开展大剂量化疗、异体和自体外周血干细胞移植治疗白血病及恶性淋巴瘤、血浆置换术、供者淋巴细胞输注、骨髓基质干细胞治疗急性心肌梗塞和脑梗塞、免疫细胞治疗恶性肿瘤等先进技术，疗效达国内先进水平。血液专科拥有CO2培养箱、PCR扩增仪、Benchman Coulter流式细胞仪、荧光显微镜、冷冻离心机、―80℃低温冰箱、凝胶成像系统、骨髓血液细胞成像系统等到万元以上设备20余台（套）。
2、胃肠外科
淮安市第一人民医院胃肠外科，是全市胃肠外科疾病诊治与治疗中心、全市胃肠外科疑难危重病例会诊中心、全市胃肠外科专业人员培训基地和科研中心。科室在苏北地区率先开展腹腔镜下胃Ca根治术、结直肠Ca根治术、联合脏器切除术，在省内处于先进行列。
3、甲乳外科
淮安市第一人民医院甲状腺、乳腺外科，乳腺专业特色为利用乳腺钼靶机、乳腺导管内视镜、高频超声、核素显像、磁共振、以及免疫学监测指标等对乳腺疾病进行准确诊断。对乳腺良性疾病可利用麦默通进行微创切除手术，达到微创、美容效果。对乳腺恶性疾病，特别是乳腺癌进行包括手术、化疗、内分泌、放疗、免疫、基因靶向治疗在内的综合治疗。甲状腺专业特色包括各种甲状腺良性疾病切除手术、各种甲状腺恶性疾病的根治性手术等。
4、肝胆胰外科
淮安市第一人民医院肝胆胰外科，科室设备先进，配备有4K腹腔镜系统、电子胆道镜系统、超声吸引手术系统、超声诊断系统、DDG分析仪等大型仪器设备。科室近年来开展的多项技术填补了本地区空白，如腹腔镜下肝切除术、胆总管探查切开取石一期缝合术、二级脾蒂结扎脾切除术、保胆取石术、内脏大神经切断术治疗肿瘤晚期疼痛等。其中肝门部胆管癌根治术、精准肝切除、腹腔镜胰十二指肠切除术等，处于省内先进地位。
5、肿瘤内科
淮安市第一人民医院肿瘤内科，科室主要特色医疗项目有肿瘤分子靶向治疗、精湛的微创介入诊疗技术、生物及免疫治疗、肿瘤内分泌治疗、中医药治疗以及营养支持治疗。同时，科室积极开展抗肿瘤新药临床试验（GCP）项目，目前已开展10余项国内外新药、新疗法的临床试验，使肿瘤内科住院病人完全可能获得与国内外一致的最新的抗肿瘤治疗。