山东大学齐鲁医院德州医院擅长心血管内科、内分泌科、呼吸内科、口腔科、产科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、心血管内科
山东大学齐鲁医院德州医院心血管内科是省级临床重点专科、德州市医学重点学科，经过几代人不懈的努力和探索，以精湛的医疗技术和优质的服务水平在社会上产生了良好的声誉。科室下设介入中心、心脏病监护病房、心血管研究室、心血管病专科门诊和专家门诊等，在心血管系统各种常见疾病的诊治和疑难危重疾病如大面积心肌梗塞、心源性休克、重度心力衰竭、严重心律失常、高血压危象等抢救方面都积累了丰富的临床经验。
2、内分泌科
山东大学齐鲁医院德州医院内分泌科是山东省临床重点专科，是市优质护理服务病房、糖尿病健康知识教育中心。现已经发展成为集医疗、教学、科研及预防保健于一体的内分泌代谢病学科，对全市内分泌专业的发展和学科建设发挥着引领、带头与推动作用。科室设备先进，力量雄厚，安装了血糖大数据系统，在全省甚至全国处于领先水平，为血糖精细化管理提供了必要的支撑条件。全体医护人员努力钻研业务，不断提高技术水平，积极开展各类新技术、新疗法，对各型糖尿病及糖尿病并发症、甲状腺疾病、肥胖等方面积累了丰富的临床经验。
3、呼吸内科
山东大学齐鲁医院德州医院呼吸内科是山东省临床重点专科。在治疗各种重症肺炎、间质性疾病、慢性阻塞性肺疾病、肺心病、支气管哮喘、肺栓塞、肺癌、胸膜疾病、不明原因发热、慢性咳嗽、睡眠呼吸暂停低通气综合征等多种呼吸道疾病方面有丰富的临床经验，使许多疑难、重症患者得到了有效治疗。科室电子支气管镜为全市第一家开展的医院，开展的胸腔镜技术为省内先进水平。配有富士能电子支气管镜，多台无创呼吸机、有创呼吸机，日本本杰斯特肺功能仪，过敏原检测仪、一氧化氮测定仪等设备。
4、口腔科
山东大学齐鲁医院德州医院口腔科为集口腔医疗、教学、科研、保健于一体，在德州市及毗邻县市如故城县、吴桥县、景县等地域内处于全面领先地位的口腔专业学科。现为国家级住院医师规范化培训基地口腔全科专业基地、德州市级临床重点专科、山东省临床重点专科建设单位、德州市公立医院口腔临床质量控制中心挂靠单位、北京大学口腔医院合作医院。科室配备有先进的现代口腔诊疗设备，现已开展的口腔诊疗技术涵盖口腔学科各领域，能完成口腔各种常见病、多发病及部分疑难病的诊断、治疗和处置。
5、产科
山东大学齐鲁医院德州医院产科，是省级临床重点专科，是集医疗、教学、科研、预防为一体的大型专业科室，在围产保健、优生咨询、产前诊断以及高危妊娠筛查、诊断、治疗、抢救等方面具有较高的医疗水准，在妊娠期高血压疾病、妊娠期糖尿病、早产的防治等方面，居全市同行业领先地位，是全市急危重症孕产妇救治中心，被授予“国际爱婴医院”称号。