云南小儿消化科医院排名靠前的是昆明市儿童医院消化科、昆明医科大学第一附属医院儿科、昆明医科大学第二附属医院儿科等，昆明市儿童医院消化科是以儿童消化系统疾病诊治为主的专业性科室，在省内小儿消化系统疾病诊疗上处于领先地位，专科特色鲜明突出；昆明医科大学第一附属医院儿科是集临床、教学、科研和保健为一体的优势发展学科，1998年被云南省卫生厅授予云南省儿科唯一的重点学科，消化与营养为其核心亚专业之一；昆明医科大学第二附属医院儿科是云南省儿科重点专科，下设消化专业组，具备消化系统疑难疾病多学科联合诊疗能力。
1、昆明市儿童医院 消化科
该科室是以儿童消化系统疾病诊治为主的专业性科室，是省内小儿消化系统疾病诊疗领先科室，专科特色鲜明。科室所有医护人员均经过专业学习及专科培训，技术力量雄厚；配备儿童胃及十二指肠电子镜、电子结肠镜、幽门螺杆菌13C红外光谱检测系统、肝胆磁共振胆管成像（MRCP）等全套消化道检查设备。目前已完成胃、肠镜检查数千余例，可开展内镜下消化道异物钳取、消化道出血镜下治疗等操作，诊疗范围覆盖胃肠、肝、胆、胰等全消化系统器官疾病。科研方面，先后获昆明市科技进步三等奖、云南省科学技术三等奖、中华预防医学会科学技术二等奖各1项，在国家核心期刊发表相关论文数十篇。
2、昆明医科大学第一附属医院 儿科
该科室创建于1946年，1998年被评为云南省儿科唯一重点学科，是云南省首家儿科硕士、博士学位授予点，2012年获批云南省儿童医学中心，消化与营养为其9大亚专业之一。科室现有中华医学会儿科分会消化学组委员1名，年门诊接诊患儿近8.9万人次，年出院约5500人次，危重患儿抢救成功率达98.9%，小儿消化系统疾病规范性诊治水平处于省内领先地位。近五年累计发表论文180篇，其中核心期刊40余篇、SCI收录6篇，获省级科研成果二等奖2项、三等奖4项。
3、昆明医科大学第二附属医院 儿科
该科室始建于1957年，是昆明医科大学儿科学硕士学位授权点、国家级儿童呼吸药物临床实验基地、云南省儿科及新生儿重点专科，下设消化专业组，承担全省儿童疑难危重病救治任务，可联合医院消化内镜团队完成ERCP引导下胆汁淤积症微创手术等高难度操作，对消化系统疑难重症的救治能力达省内先进水平。近年累计发表论文70余篇，获国家自然科学基金资助1项、云南省科技进步二等奖1项、三等奖4项，目前主持各级在研课题9项。
4、云南省第一人民医院 儿科
该科室创建于1952年，是云南省内专业设备齐全、技术力量雄厚的核心儿科科室，设有消化等8个亚专业，承担省内儿科疑难病诊治、危重病急救及基层医护人员培训等任务，消化专业对出血坏死性小肠炎、重度腹水、胰腺炎、消化道出血等危重疾病抢救成功率高，对小儿反复慢性腹痛、腹泻、厌食症等常见消化疾病诊疗经验丰富。近年完成省卫生厅课题并获省科技进步三等奖1项，现有在研科研课题2项，每年在儿科学核心期刊发表论文10余篇。
5、云南省妇幼保健院 儿科
该科室是集临床、教学为一体的规范化儿科诊疗科室，为全国百家“优秀爱婴医院”组成科室，先后获中华医学会“儿童哮喘标准化门诊”授牌、云南省卫健委“优质护理示范病区”称号。科室拥有由主任医师、副主任医师（护师）、主治医师（护师）等组成的近30人高素质医护团队，承担昆明医科大学海源学院理论教学及实习带教、大理医学院医护实习基地建设任务。诊疗范围覆盖儿科各系统常见病、多发病，其中消化系统疾病为常规诊疗方向，可开展小儿推拿、中药穴位贴敷等特色消化干预服务，实行24小时值班及节假日专家门诊制度。
