汕头市中医院擅长内分泌代谢科、创伤骨科、脑病科、肾病科、妇科。上述科室实力雄厚，能够为常见和疑难罕见疾病患者提供高质量的诊疗服务。
1、内分泌代谢科
是国家中医重点专科协作组成员单位、省级中医重点专科，也是汕头市内分泌糖尿病副主委单位，是集临床、科研、教学、实验室、健教中心为一体的大型综合性科室。科室开发应用具有中医特色的新技术、新疗法、院内制剂等，获得良好的社会影响力。
2、创伤骨科
是广东省中医重点专科单位，也是医院骨伤科的龙头科室。科室对中西医结合治疗四肢骨不连、延迟愈合、骨缺损、创伤性骨髓炎和各种畸形愈合等疾病做了大量实践和研究，积累了丰富的经验。
3、脑病科
是广东省中医院、中山大学附属第三医院、汕头市中心医院脑卒中联盟单位，随着科室不断发展，诊疗手段日益丰富，形成了临床疗效显著、中医特色明显的中医脑病专科。
4、肾病科
是汕头市重点专科、省中医重点专科，现为粤东地区规模大、影响广的中医肾病专科。目前科室开展肾衰中药灌肠、中药脐灸、肾病激光治疗、药物罐、腹膜透析、肾穿刺活检等特色项目，采用中西医结合的治疗手段提高肾病的疗效。
5、妇科
是广东省中医重点专科，科室坚持中西医并重和优势互补，目前已形成安全、有效、成熟的诊疗体系，构建“预防—治疗—调理”全过程、全方位的立体诊疗模式，为妇科患者提供最佳的中西医结合药物治疗及手术治疗，在粤东地区享有盛誉。