南京肝病科医院排名比较靠前的是南京市第二医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
南京市第二医院肝病科是国家及省市重点专科，疑难肝病诊疗特色鲜明。南京医科大学第一附属医院感染病科是江苏省重点学科，肝病与重症感染救治能力全省领先。南京鼓楼医院感染性疾病科是省临床重点专科，病毒性肝炎与脂肪肝规范化诊疗水平突出。
1.南京市第二医院 肝病科
南京市第二医院肝病科是国家、江苏省及南京市重点专科，东南大学与南京中医药大学硕士研究生培养点，荣获青年文明号、服务明星集体等称号。科室擅长肝衰竭、重型肝炎、肝硬化、各类肝炎、肝癌、脂肪肝、自身免疫性肝病及遗传代谢性肝病等疑难病症诊疗，在慢性乙肝丙肝个体化治疗方面优势显著，承担多项省市科研课题，发表多篇SCI及核心期刊论文。
2.南京医科大学第一附属医院 感染病科
南京医科大学第一附属医院感染病科是江苏省临床重点专科与医学重点学科，为我省最早传染病博士学位授予点及国家级培训基地。学科在病毒性肝炎、肝硬化、肝衰竭、肝癌及各类疑难感染病诊疗上实力雄厚，拥有独立P2+实验室，开展人工肝等特色技术，华东地区专科声誉排名前五，江苏省排名第一，获多项省市级科技奖项，科研与临床转化能力突出。
3.南京鼓楼医院 感染性疾病科
南京鼓楼医院感染性疾病科是江苏省临床重点专科，江苏省医学会感染病学分会主委单位，建有南京大学病毒与感染病研究所。作为慢乙肝临床治愈珠峰计划江苏省示范基地与全国脂肪肝规范诊疗中心，擅长疑难肝病、发热伴血小板减少综合征、新发传染病救治，开展人工肝、肝穿刺、无创肝纤维化评估等技术，主持多项国家自然科学基金，多篇论文发表于国际权威期刊。
4.东南大学附属中大医院 感染性疾病科
东南大学附属中大医院感染性疾病科是东南大学硕士学位授予点，在重大传染病防控中多次受到表彰。科室专注于慢性乙型肝炎个体化治疗与多药耐药管理，在脂肪肝等代谢性肝病慢病管理、不明原因发热及疑难感染诊疗上形成特色，参与肝癌及脂肪肝MDT诊疗，承担多项国家及省部级科研课题，发表多篇高质量学术论文。
5.东部战区总医院 消化内科
东部战区总医院消化内科是南京军区消化病中心，全国及全军临床药理基地，南京大学博硕士培养学科。科室配备人工肝支持系统等先进设备，内镜诊疗技术达国内先进水平，在肝硬化并发症、食管胃底静脉曲张治疗、消化道早癌内镜诊治等领域成果显著，擅长肝病相关消化急症与疑难病例诊疗，承担多项省部级课题，拥有多项国家发明专利。
