中国人民解放军火箭军总医院擅长心血管内科、肝胆外科、骨科、直肠肛门外科、胃食管反流病科。这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、心血管内科
科室技术力量雄厚，设备设施齐全，拥有国内一流水平的介入治疗专家队伍及从事心血管病介入治疗多年的技术团队，在冠心病、急性心梗的介入治疗方面特色突出。配备有专业心血管重症监护医师，对心梗、心律失常、多器官功能衰竭病人的救治有丰富的临床经验，心肺复苏成功率达98%以上。
2、肝胆外科
为全军肝胆胃肠病专科中心及二炮总医院重点学科。科室在机器人复杂肝胆胰外科领域具有较大的国际知名度，在复杂手术例数、疗效及拓展机器人外科的创新术式等方面，都居于国际领先地位，受到国内外同行的高度关注。科室还筹建并成立了中国医师学会机器人外科学组及国内首个机器人临床基地。
3、骨科
是中国人民解放军火箭军总医院重点科室之一，是第二炮兵骨科研究中心。科室集医疗，教学，科研于一体，配备有先进的诊疗设备，以显微外科、手外科、创伤骨科为技术优势，带动中心各专业全面发展。
4、直肠肛门外科
为全军肛肠疾病专病中心。下设专科门诊、盆底功能检查及治疗室、内镜中心等，在复杂疑难肛肠疾病、重度环状混合痔、顽固性便秘等领域处于业内领先水平。病源范围覆盖国内各省、市、自治区，还涉及东南亚、港澳台及新加坡、新西兰、美国等国家和地区。
5、胃食管反流病科
由中国科学院汪忠镐院士创建，是国内唯一一家独立建科的胃食管反流病专病科室。科室配备有各种国际上最先进的胃食管反流病专科诊疗设备，医务人员技术精湛，临床经验丰富。可开展胃底折叠术、射频治疗，其治疗数量遥遥领先于国内，且疗效显著。
