成都市妇女儿童中心医院擅长产科、耳鼻咽喉头颈外科、新生儿科、皮肤科、外阴宫颈门诊科，这些科室学科特色鲜明，优势明显，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、产科
是四川省重点学科、省孕产保健特色专科，集医疗、教学、科研和群体围产保健为一体的国家级母婴安全优质服务单元，全国住院医师规范化培训基地，全国专科助产士临床培训基地，省专科护士培训基地。科室分娩量长期居西南地区榜首。在西部地区构建了“四川特色”的三级危重孕产妇和新生儿救治网络体系。孕产妇死亡率、婴儿死亡率比肩欧美发达国家水平。
2、耳鼻咽喉头颈外科
是成都市妇女儿童中心医院的特色专科，也是四川省最早具有儿童耳鼻咽喉头颈外科的医院。设立独立病房，实现了学科由门诊延伸至病房的跨域式的发展，是四川省内最早具有小儿耳鼻咽喉头颈外科专科的三甲医院，是目前四川省规模最大、建制最完善、人员结构较合理，医护人员最多，拥有住院床位最多的特色一级临床学科。
3、新生儿科
是四川省医学甲级重点专科、国家新生儿保健特色专科，四川省及成都市危重新生儿救治中心、四川省专科护士培训基地、国家级新生儿神经重症医学专项技术教学培训基地，肩负着四川省和成都市危重新生儿的转运与抢救。拥有一流的现代化监护治疗、急救仪器和一批训练有素的专业技术队伍，形成了院前急救-危重症转运-重症监护-高危儿追踪随访的健康管理系统，医疗技术水平处于领先地位。
4、皮肤科
是四川省内规模最大的儿童皮肤病专科。同时是省内唯一的中华医学会授牌的特应性皮炎研究中心，是国家药物临床试验中心GCP。作为特应性皮炎研究中心，在特应性皮炎（婴儿湿疹）方面已形成了一套完整的检查、治疗、患教体系，有效的减少了湿疹复发，改善患儿生活质量。
5、外阴宫颈门诊科
是四川省和成都市诊疗规模较大、成立时间较早的阴道镜检查及宫颈疾病诊断治疗专科，是成都市宫颈癌综合防控中心阴道镜培训及质控科室、中国宫颈癌防治工程授予的“宫颈病变与宫颈癌防治专项技术教学培训基地”。引进海扶刀技术，为成都市首家公立海扶治疗中心，且该技术目前在省内处于领先水平。