首都医科大学北京妇产医院擅长的科室有妇科、围产医学部、生殖医学科、妇科微创中心、妇科肿瘤科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、妇科
首都医科大学北京妇产医院妇科由著名妇产科专家林巧稚创建，是医院建院时成立的支柱科室。随着医院的发展、逐步扩大，妇科系统不断分化出妇科肿瘤、计划生育、生殖中心等亚专科，妇科定位为普通妇科。妇科系统2010年成为卫生部临床重点建设专科。几十年来，妇科在传承各种传统手术的基础上，开展以微创为前提的妇科手术治疗体系，广泛地采用腹腔镜、宫腔镜、阴道镜等妇科内镜技术。2018年成立亚洲第一个“欧洲认证的国际跨学科子宫内膜异位症中心”。
2、围产医学部
首都医科大学北京妇产医院围产医学部作为国家卫生健康委批准的国家临床重点专科项目建设单位，自1959年建科以来一直是北京市分娩数量最多、高危妊娠患者集中的科室。该院以围产保健系列化服务见长，围产医学部划分母体医学、胎儿医学、普通产科及孕期营养内分泌代谢等几个亚专科，致力于高危妊娠的管理，贯穿从孕前、孕期到分娩期，直至产后康复的全过程，形成系列化管理模式。医院不断强化高危孕产妇的临床诊疗和管理水平，逐步建成综合内科、ICU、急诊科等基础学科，提升对重点专科支持力和对急危重症孕产妇的诊疗与救治能力。
3、生殖医学科
首都医科大学北京妇产医院生殖医学科是北京市首批通过原卫生部人类辅助生殖技术资质认证，准许开展常规体外受精-胚胎移植（IVF-ET）、卵胞浆内单精子显微注射技术（ICSI）及夫精人工授精（AIH）的机构。2000年生殖医学科获批北京市重点扶植学科，2006年获批北京重点建设学科。经过多年的发展，生殖医学科发展为集医、教、研为一体的生殖遗传与不孕不育诊治的专业医疗中心，为北京市生殖障碍性疾病、不孕不育患者提供生育指导、优生遗传咨询和辅助生殖技术助孕等规范化诊疗。
4、妇科微创中心
首都医科大学北京妇产医院妇科微创中心做为医院的特色重点科室，是卫生部《国家临床重点专科》妇科系统的牵头科室。中心在传承妇产医院长期探索形成的优秀诊治理念和临床经验基础上，保持和发扬传统妇科诊疗特色，积极适应现代微创医疗发展需要，大力发展宫腔镜、腹腔镜、经阴道手术等现代妇科微创医疗技术，形成了以妇科微创诊疗为特色，融医疗、教学、科研为一体立足北京、服务全国、面向世界的专业化妇科微创诊治中心。该中心通过微创伤途径诊治各类妇科常见病、多发病和妇科疑难病症，所开展的诊疗项目在全国妇科微创诊治领域居领先地位。
5、妇科肿瘤科
自1959首都医科大学北京妇产医院建院以来，妇瘤科在妇科肿瘤临床诊治方面一直处于国内先进水平。在国内率先开展钴60体外照射、192Ir高剂量率腔内后装放疗、宫颈Leep术等诊疗技术。历经53年发展，妇瘤科与时俱进，现已成为北京市唯一集医疗（包括手术、化疗和放疗）、教学和科研为一体的妇科肿瘤单位，并拥有一支医德医风好、经验丰富、技术精湛、优质护理的专业队伍和学术团队。多年来，深受广大患者的信赖和赞誉。