恩施土家族苗族自治州中心医院擅长内科心血管病中心、心胸外科、儿科、眼科中心、口腔科等。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、内科心血管病中心
恩施土家族苗族自治州中心医院内科心血管病中心系湖北省临床重点专科，技术实力在武陵山区域心血管内科诊疗领域处于领先地位，服务范围覆盖全州并辐射湘、鄂、渝、黔四省（市）边区。该科室内心脏介入治疗水平进入省内同级医院先进行列，成为全州医学界一项品牌业务。
2、心胸外科
恩施土家族苗族自治州中心医院心胸外科系湖北省临床重点专科，国家先心病救助定点单位，华中心脏大血管疾病医疗联盟单位，湖北省血管外科联盟理事单位，恩施州胸心血管外科学会主委单位。该科室服务范围覆盖全州并辐射鄂、渝、湘、黔等武陵山地区。
3、儿科
恩施土家族苗族自治州中心医院儿科系湖北省中医临床重点专科，业务覆盖全州并辐射渝、湘、黔三省（市）边区。该科室技术力量雄厚、医疗设备齐全，为湖北中医药大学、武汉大学、湖北民族大学的教学基地，还设立儿科教研室，承担湖北民族大学临床医学的儿科学及中医儿科学的教学任务。
4、眼科中心
恩施土家族苗族自治州中心医院眼科中心被省卫生厅授予“湖北省临床重点专科”和“湖北省住院医师规范化培训基地（眼科）”，同年被省科技厅、省卫生厅授予“湖北省眼科临床研究中心分中心”，是首批由武汉大学人民医院牵头成立的“湖北省眼科联盟”的成员单位。眼科中心服务范围覆盖全州并辐射湘、鄂、渝、黔四省（市）边界，在武陵山区域处于领先地位。
5、口腔科
恩施土家族苗族自治州中心医院口腔科是省级临床重点专科，是武陵山地区专科规模最大、专家阵容最强、设备最先进、专科设置最齐全的口腔医学科研、教学和临床中心，是中南地区口腔专科联盟区域性口腔诊疗中心、国家级口腔全科和口腔正畸住陪基地及口腔专业硕士研究生教学单位、国家口腔材料和设备临床试验基地、中国儿童口腔疾病综合干预项目定点单位。