内蒙古民族大学附属医院擅长的科室有耳鼻咽喉头颈外科、骨科、蒙医妇科、精神科、中医科等。
1、耳鼻咽喉头颈外科
内蒙古民族大学附属医院耳鼻咽喉头颈外科，发挥蒙医专业优势，以专病治疗为突破口，深入开展“证病辩治”的研究，开展蒙西医结合诊治咽炎、扁桃体炎、喉炎、鼻炎、鼻窦炎、鼻出血、中耳炎、耳聋、耳鸣等耳鼻咽喉各种常见病及疑难病的诊治。利用院内电子喉镜，支撑喉镜、鼻-鼻窦内窥镜、微波治疗仪、等离子消融刀、耳内窥镜，不断提高服务水平。对蒙医耳鼻咽喉科常见病、疑难病症的诊治，有了独特的认识。
2、骨科
内蒙古民族大学附属医院骨科，能够用蒙西医结合的特色疗法治疗关节内骨折、复杂性骨折脱位、开放性骨折合并血管神经损伤、陈旧性骨折畸形愈合、骨不连、骨外露、环骨盆骨折等疑难杂症。治疗胸腰椎间盘突出症、椎管狭窄、脊柱结核、椎间隙感染；对颈胸腰椎椎管狭窄、腰椎滑脱、腰椎间盘突出的椎板减压髓核摘除融合内固定术，单阶段或中度颈椎间盘突出症的射频消融技术。
3、蒙医妇科
内蒙古民族大学附属医院蒙医妇科是医院的重点扶持专科之一、通辽市妇产科领先学科、内蒙古自治区重点学科。在日常的工作和科研中，科室主要以蒙医辩证施治为主，应用蒙医药治疗盆腔炎、功能性子宫出血、子宫内膜炎、子宫内膜异位症、月经不调及不孕症、部分肿瘤等妇科常见病、多发病以及疑难杂症方面疗效显着，有独道之处，并结合现代医学治疗和抢救急危重病人，同时开展妇科各种手术。
4、精神科
内蒙古民族大学附属医院精神科，主要诊治正常人出现的心理问题包括学习障碍、社会行为障碍和人际交往障碍、家庭生活和职业选择障碍等方面问题的咨询以及包括以下疾病患者的心理治疗及药物治疗；以各种躯体不适症状作为主诉，症状复杂多样、反复出现、时常变化，虽多方就医，经各种医学检查证实无器质性损害，尝试各种方法治疗，服用过多种药物，但仍不能解决其痛苦的一类神经症。
5、中医科
内蒙古民族大学附属医院中医科，是通辽市医学重点学科。可诊治感冒、咳嗽、高血压、心脏病、反流性食道炎、慢性胃炎、胃溃疡、胆囊炎、胆结石、脂肪肝、肝炎、肝硬化、头痛、眩晕、郁证、失眠、中风、甲状腺疾病、糖尿病、尿崩症、便秘、泄泻、慢性肾炎、肾结石、淋证（泌尿系感染）、自汗、盗汗、腰痛、风湿、类风湿、痛风、肿瘤的中药辅助治疗等疾病。