复旦大学附属肿瘤医院擅长肿瘤内科、病理科、妇科、泌尿外科、胸外科相关疾病的诊治。这5个科室拥有丰富的诊疗经验，患者可根据个人情况就诊。
1、肿瘤内科
是国家教育部重点学科、国家临床重点专科，在复旦专科声誉榜中位列第三。科室在肿瘤规范化，精准化治疗的方向上，坚持以临床问题为导向的临床与基础研究，取得了重大突破创新。完成国内首例坐姿重离子颅底脊索瘤放疗、国内首例重离子治疗眼部脉络膜黑色素瘤的诊治。
2、病理科
成为全国首个CNAS医学实验室认可的病理科。病理科是全国肿瘤病理最大的会诊中心，年会诊病例从2万例增长至4万例。连续10年在复旦专科声誉排行榜中排名前三，连续9年获得上海市优秀医疗质量质控中心称号。
3、妇科
是国内最早成立的诊治妇科肿瘤的专业科室，妇科以临床诊疗和相关研究为主，以综合治疗为特色，对于宫颈癌、卵巢癌、宫体癌等各种妇科良恶性肿瘤，均按国际规范充分利用手术、放疗、化疗、介入治疗等治疗手段，制定有效的综合方案，已形成了一整套妇癌诊治规范。
4、泌尿外科
是国内规模最大、影响力最强、辐射面最广的泌尿男生殖系肿瘤诊治和研究中心，科室与时俱进、勇于创新，率先利用互联网技术及人工智能技术，完善“两个平台”建设——国内首个涵盖泌尿及男生殖系统肿瘤患者的全人全程管理网上平台，首个跨区域的中国泌尿肿瘤MDT网上平台。
5、胸外科
是上海市临床重点专科，科室在胸部肿瘤规范化，精准化治疗的方向上，坚持以临床问题为导向的临床与基础研究，取得了重大突破创新，国际首创“肺癌全面微创治疗3.0”，提出肺癌术中行亚肺叶切除和纵隔淋巴结清扫的精确指征。