浙江大学医学院附属第二医院擅长心血管内科、神经外科、急诊医学科、眼科、烧伤与创面修复科，上述科室诊疗水平高超，患者可以根据自身的需求选择相应的科室进行就诊。
1、心血管内科
浙江省第一个独立从事心血管疾病防治、教学和科研的专门学科，国家临床重点专科，名列复旦专科排行榜第5，每年完成各类介入性诊治8000余例。
2、急诊医学科
国内首批成立的急诊科之一，中华医学会急诊医学分会的主要发起单位和成立地，国家临床重点专科，连续位居复旦专科（急诊医学）排行榜前5名。
3、神经外科
浙江省成立最早的神经外科，国内成立神经外科专科较早的单位之一，浙江省神经外科发源地和神经外科医师的摇篮，连续多年进入复旦专科榜前十。
4、眼科
国家临床重点专科，国家重点（培育）学科，浙江省和浙江大学重点学科，浙江医学支撑学科，眼科诊疗和手术水平始终处于国内领先，国际先进水平。
5、烧伤与创面修复科
国内最早成立的烧伤专科之一，浙江省烧伤救治技术指导中心，浙江省医学重点学科，对烧伤患者的救治成功率（LA50）达94%，最大烧伤面积达100%。
除上述科室外，超声医学科、健康管理科也都具有非常丰富的临床经验，以及完备的治疗体系，为患者就医提供可靠基础和保障。
