通辽地区三级甲等医院有通辽市医院、内蒙古民族大学附属医院、通辽市蒙医整骨医院等。其中，通辽市医院拥有2个自治区级重点学科，8个通辽市领先学科，22个学科为市重点学科，现已成为通辽区域胸痛中心联盟管理单位。内蒙古民族大学附属医院是全国唯一一家国家级重点中（蒙）西医结合医院，是国家“高级卒中中心”。通辽市蒙医整骨医院是全国唯一一所以蒙医正骨为特色的蒙医专科医院，拥有2个自治区特色优势重点专科，3个市级重点学科。
第一名：通辽市医院
通辽市医院，现已成为通辽市最大的一所集医疗、科研、教学、保健、康复、体检为一体的国家三级甲等综合医院，消化内科、新生儿科为自治区级重点学科；麻醉科、肾病科等8个学科为通辽市领先学科；普外科、心内科等22个学科为市重点学科；医院胸痛中心是国家胸痛总部获批的高级标准版，并经国家胸痛中心总部、自治区胸痛联盟和通辽市卫健委审批，成为通辽区域胸痛中心联盟管理单位。
第二名：内蒙古民族大学附属医院
内蒙古民族大学附属医院，现已成为一所集“医疗、教学、科研、预防、保健、健康管理”六位一体的国家三级甲等蒙医综合医院，也是全国唯一一家国家级重点中（蒙）西医结合医院。医院是国家卫健委脑卒中筛查与防治基地、国家“高级卒中中心”；拥有精准医疗基因检测中心、临床生物样本库、生殖医学中心、产前筛查诊断中心、临床肿瘤精准治疗院士专家工作站。
第三名：通辽市蒙医整骨医院
通辽市蒙医整骨医院，是内蒙古自治区乃至全国唯一一所以蒙医理论为基础，以蒙医正骨为品牌特色的三级甲等蒙医专科医院，医院现设有蒙医骨伤科、创伤骨科、脊柱科、骨关节科、蒙医五疗康复科、蒙医心内科、蒙医脑病科、血液净化科等临床科室，其中，蒙医骨伤科是国家“十二五”期间重点专科，蒙医整骨科、康复科被评为自治区特色优势重点专科，蒙医内科（萨病科、脑病科）、疗术科被评为市级重点学科。
第四名：通辽市传染病医院
通辽市传染病医院，是集医疗、教学、科研、预防和突发公共卫生事件应急救治为一体的多功能三级甲等传染病专科医院。目前设置科室有感染性肝病科、非感染性肝病科、中西医结合肝病科、感染性疾病科等9个病区，在自治区率先开展乙肝、艾滋病、梅毒母婴阻断治疗；腹水超滤浓缩回输治疗肝硬化顽固性腹水；感染性疾病肾衰竭患者的血液透析血液滤过、血液灌流治疗。
第五名：库伦旗蒙医医院
库伦旗蒙医医院已发展成为特色突出，设备先进，集医疗、科研、教学、预防、保健为一体的国家三级蒙医综合医院。拥有2个自治区级蒙医重点专科（脾胃（肝）病科、脑病科）、2个市级名蒙医科（传统疗术科、脾胃（肝）病科）、1个市级重点学科（传统疗术科）。
第六名：通辽市科尔沁区第一人民医院
通辽市科尔沁区第一人民医院是科尔沁区规模最大、设备最先进、技术力量最雄厚的综合性三级乙等医院和肿瘤治疗中心。通辽市领先、重点学科4个，分别是放疗科、眼科、骨外科、麻醉科。医院重点学科12个。医院胸痛中心和心衰中心分别是通辽市首家、自治区第二家通过国家认证的胸痛中心、心衰中心，呼吸与危重症医学科是通辽市首家、自治区第四家通过国家标准化建设评审的达标单位。
第七名：通辽市第二人民医院
通辽市第二人民医院，是一所集医疗、急救、康复、预防保健、科研、教学、社区服务为一体的二级甲等综合医院，技术不断创新、环境建设与社会发展同步，科室设置和人才队伍建设正在逐步完善、服务能力不断提高，全院实行全面质量管理，已经形成行政职能、医疗护理质控、医德医风和信息化建设新的网络式管理体系。