河南省中医院擅长儿科、针灸科、治未病科、骨伤病科、周围血管科，这些科室均具备专业的医疗技术和诊疗能力，能够为广大患者提供优质的医疗服务。
1、儿科
是国家重点专科协作单位、河南省重点学科，是集医疗、教学、科研、预防保健为一体的综合性科室。科室运用中医理论辨证论治，中西医结合的诊疗理念，以呼吸、心血管及消化系统疾病、肾病、风湿免疫性疾病等为主要专业研究方向，参加研制成功国家级新药两种—小儿热速清口服液及小儿泻速停颗粒。
2、针灸科
是以中医、针灸临床医疗为主，兼顾科研、教学三位一体的临床综合科室。本科传承祖国医学精华，崇尚自然绿色疗法，以针灸为主并配合推拿、方药、理疗，“四位一体”综合治疗疾病。
3、治未病科
是以治未病理念为核心，针对个体人健康状态，运用中医药养生保健技术和方法，结合现代健康管理手段，系统维护和提升个体人整体功能状态的科室。该科是国家第二批治未病试点单位，国家中医药管理局中医养生学重点学科，国家中医药管理局“十二五”重点专科中医预防与保健培育单位，国家中医药管理局中医药国际合作基地（河南）协作单位。
4、骨伤病科
为国家临床重点专科（中医专业）、国家中医药管理局重点专科。科室拥有精干的专业团队和雄厚的技术实力，中医特色突出，在中西医治疗骨折、骨病方面国内领先。主要从事复杂创伤骨折、骨盆骨折、骨折不愈合等工作，在复合伤、复杂骨折、畸形矫正等方面省内领先。
5、周围血管科
是“十二五”国家中医重点专科，是集医、教、研于一体的临床骨干科室。全国著名周围血管疾病专家唐祖宣国医大师工作室建设在本科。科室形成了以中西医结合治疗为特色，以微创介入治疗为手段，针对动静脉疾病的一体化治疗新模式，在全国范围的血管外科专业具有了一定的地位和影响。