辽源市中医院擅长脾胃病科、针灸推拿科、肛肠科、老年病科、神经内科，这些科室均具备专业的医疗技术和诊疗能力，能够为广大患者提供优质的医疗服务。
1、脾胃病科
是国家重点专科、国家中医药管理局重点专科、国家卫生部临床重点专科，2014年成立了省中医局根除幽门螺杆菌研究室。设立了脾胃病科特色疗法治疗室，门诊设立脾胃病专病门诊，便秘门诊。
2、针灸推拿科
是国家级重点专科，在市内率先成立针推康疗区，配有先进的诊疗设备，是最具中医特色的专科。该科也是国家中药要管理局“十一五”推拿重点专科、省中医药管理局重点学科，开展有脊柱微调平衡手法治疗腰椎间盘突出症、颈椎病；双枕垫踩跷术治疗极外侧腰椎间盘突出症等多项优势特色诊疗项目。
3、肛肠科
是辽源地区规模最大的肛肠重点专科,省“十二·五”中医重点专科。科室拥有大型现代化的诊疗设备，擅长治疗混合痔、肛裂、肛乳头瘤等各种肛肠科常见病及疑难杂症，对急慢性结肠炎也有独特的治疗方法。科室填补辽源地区多项肛肠病医疗技术空白。
4、老年病科
是省级重点专科，在中药治疗老年病方面有独到之处，开展内科疾病相关的中西医结合保健和诊治工作。科室以胸痹、中风、眩晕为专科优势病种，尤擅长中西医治疗老年心脑血管病、呼吸道疾病、老年痴呆、抑郁症、老年便秘等。
5、神经内科
为吉林省地区级中医院最大的集科、教、研为一体的脑病诊疗中心，是省市级重点专科。科室中西医结合治疗脑病已达国家级水平，开展超早期溶栓术、颅内血肿微创术等，引进“自体血回输疗法”，用于治疗缺血及出血性中风、偏头痛等，临床疗效显著。
