南京肾病科医院排名靠前的是东部战区总医院肾脏病科、东南大学附属中大医院肾内科、江苏省人民医院肾内科等。东部战区总医院肾脏病科2023年复旦版全国专科声誉排名第3、2022年排名第2、2021年专科综合排名第3。东南大学附属中大医院肾内科2023年获复旦版全国专科声誉排名提名，2019年复旦专科综合实力排名全国第10，是国家肾脏病临床研究中心核心科室。江苏省人民医院肾内科是国家临床重点专科建设单位，是江苏省肾脏病专业医疗质量控制中心，下设4个特色亚专科。
1、东部战区总医院 肾脏病科
该科室1978年由黎磊石院士领导成立，是中华肾脏病学会发起单位之一，1986年核准为全国首个肾脏病医学专科中心，2011年成立全国首个肾脏病转化医学研究中心，为南京大学医学院博士学位授予点。现有教授7人、副教授8人，博导5人、硕导14人，学科带头人刘志红院士为中华医学会肾脏病学分会候任主任委员、国际肾脏病学会理事。年门诊量26万人次，开放床位210张，年收住病人8000人次，年肾活检5000余人次，血液净化中心年常规透析近40000人次，下设24个专病门诊，平均住院日9天，短于国内同专业平均水平。累计获国家科技进步二等奖5项，发表SCI论文180篇，出版的《中国肾脏病学》为“十一五”国家重点图书。
2、东南大学附属中大医院 肾内科
该科室1979年始建，2002年成立东南大学肾脏病研究所，是国际肾病学会首批优秀肾脏姐妹中心、江苏省肾脏病临床研究中心、国家肾脏病临床研究中心核心科室，为东南大学博士学位授予点和博士后流动站。现有博士生导师7名、硕士生导师8名，正高7名、副高9名，留学归国人员12名、博士24名，学科带头人刘必成教授为Elsevier全球高被引科学家。管理一院三区，开放病床145张、血液透析床260张，管理长期透析患者1000余人，年接受疑难血管通道会诊手术超1000台次，肾脏病理报告3天内即可出具，常年承接全国病理会诊。累计承担国家自然科学基金40余项，发表SCI论文220多篇，获国家科技进步二等奖1项。
3、江苏省人民医院 肾内科
该科室1973年成立，是国家临床重点专科建设单位、国家卫健委透析综合管理能力建设专项培训基地、卫生部腹膜透析培训示范中心，也是江苏省肾脏病专业医疗质量控制中心、江苏省血液净化培训基地，为南京医科大学博士、硕士授权点。有专科医师34人，其中博士生导师3名、硕士生导师7名，主任医师12名、副主任医师10名，专科护士共125人。设3个病区（含肾脏病重症病区），开放床位85张，年门诊量超11万人次，年出院患者3500余人；血液净化中心配血液净化机87台、CRRT机20台，年透析约6.5万次，年CRRT超9000例次，长期血透患者423人、在访腹透患者346人。下设4个亚专科，多项技术达国际先进或国内领先水平，在研国家自然科学基金6项。
4、南京鼓楼医院 肾脏内科
该科室创建于1980年，是江苏省和南京市临床重点专科、江苏省血液透析培训基地、江苏省腹膜透析指导中心、国家肾脏疾病临床医学研究中心核心单位，复旦版肾脏内科专科全国排名第27位，为南京大学、南京医科大学等多所高校研究生学位授予点。现有医护人员60人，其中主任医师7名、副主任医师7名，博士学位11人，省市各类医学人才称号者5人。编制床位48张，年收治住院病人约3000人，年门诊量7万余人次；血液透析床位50余张，是南京地区规模最大的腹膜透析中心，维持性腹透患者500余人，一次性置管成功率达99%以上，腹透5年技术存活率达国内领先水平，年完成肾活检500余例。承担各级课题二十余项，获江苏省新技术引进奖一等奖2项。
5、南京市第一医院 肾内科
该科室是南京市医学重点专科、南京医科大学硕士学位授予点、中华医学会腹膜透析实践培训基地、江苏省血液净化技术省级培训基地，为南京市卫健委血液透析质量控制中心主委单位。现有医师23名，其中主任医师4名、副主任医师7名，硕士研究生导师3人，6人具博士学位、13人具硕士学位。开放床位46张，配备CRRT机4台、血透机51台，擅长急性肾损伤、难治性肾病综合征、复杂性尿路感染等疾病诊治，可开展多种血液净化技术及透析通路相关手术，多次参与南京市重大抢救项目。先后承担国家自然科学基金等省部级课题十余项，发表SCI论文三十余篇，获各级奖励十余项。
