福建省儿童医院擅长的科室有小儿外科、神经外科、小儿呼吸科、内分泌与遗传代谢科、康复科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、小儿外科
福建省儿童医院小儿外科与复旦大学附属儿科医院、首都医科大学附属北京儿童医院及美国加州马德拉医院小儿外科构建长期的学术交流与合作关系。开展颈部、腹部及盆腔各种常见病，新生儿疾病及疑难病诊断与手术治疗，尤其擅长腹腔镜微创外科手术，如胆总管囊肿根治术、先天性巨结肠根治术、食管裂孔疝修补术等，诊疗水平省内领先。
2、神经外科
福建省儿童医院神经外科，是由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉神经外科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗脑积水、颅缝早闭、腰骶部皮肤破损、脊髓拴系、蛛网膜囊肿、硬膜下血肿、硬膜下积液、脑挫伤等方面具有显著优势。
3、小儿呼吸科
福建省儿童医院小儿呼吸科是医院的特色专科病房，是集医疗、教学、科研于一体的儿童呼吸专科病区，拥有能够开展一系列具有省内或国内先进水平的诊疗技术及设备，对儿童呼吸系统常见病、多发病及疑难病症的诊治和危急重症的抢救具有丰富的临床经验和娴熟的操作技术。
4、内分泌与遗传代谢科
福建省儿童医院内分泌与遗传代谢科为福州市临床重点专科，自1995年在省内率先开展小儿内分泌遗传性疾病诊疗，2004年创建福建省小儿内分泌学组，配备专科实验室，是省内唯一全面检测儿童生长发育及内分泌遗传代谢指标的专科实验室。专科主要开展矮小症、性早熟、肥胖症、糖尿病、甲状腺功能异常等内分泌遗传代谢性疾病诊疗。专科诊治水平达国内先进。
5、康复科
福建省儿童医院康复科是省率先成立的以中西医结合方案治疗儿童脑瘫为特色的科室，是福州市中西医结合脑瘫重点专科；福州市残联脑瘫儿童定点康复训练基地。擅长小儿脑瘫、中枢及周围神经系统损伤后遗症、运动发育迟缓、言语发育迟缓、小儿斜颈以及步态异常、骨伤术后关节功能障碍等儿童常见疾患的康复治疗；高危新生儿的神经发育评估及早期干预等。