章丘市中医医院擅长的科室有骨科、肛肠科、脾胃科、脑病科、肺病（呼吸）科等。
1、骨科
章丘市中医医院骨科是山东省中医药重点学科；骨科作为章丘区中医院骨科五个病区之一，技术力量雄厚，现有医生13人，包括主任医师1人，副主任医师4人，主治医师6人，住院医师2人，其中硕士学位7人。运用中医中药治疗各种骨科常见疾病，努力发展中医骨伤传统优势，并指导骨伤病人进行功能训练，提高生活质量。中西并重，标本兼治，为中医药发展做出科室最大贡献。
2、肛肠科
章丘市中医医院肛肠科是山东省县域中医药龙头专科；是章丘市乃至周边地区成立最早的中医特色专科，有五十多年的历史，担负着市内肛肠专业的医疗、教学、科研工作。以一流的服务质量和精湛的技术水平享誉章丘内外，整体水平和规模居省内、外同级医院领先水平。是济南市、章丘市中医重点专科。中华中医药学会肛肠专业委员会常务理事单位，济南市医学会、济南市中医药学会肛肠专业委员会副主任委员单位。
3、脾胃科
章丘市中医医院脾胃科是山东省县域中医药龙头专科；山东省重点中医专科，科室技术力量雄厚，现有专业技术人员18名，全国优秀中医临床人才1名、山东省名中医药专家1名、主任中医师1名、副主任中医师2名，主治医师4名，硕士研究生3名，内镜工程师1名。胃安合剂治疗幽门螺杆菌感染临床与实验研究获山东省中医药科技进步奖三等奖，济南市科技进步二等奖。
4、脑病科
章丘市中医医院脑病科是山东省中医药重点专科、济南市医学重点专业，济南市重点中医临床专业。随着中医院的健康快速发展，脑病科的医疗队伍不断发展壮大，形成了一个合理的医疗梯队，不断学习和创新，先后选派技术骨干到解放军总医院（301医院）、北京中日友好医院、齐鲁医院及省立医院进修学习，参加各种学术交流及培训班，造就了一支技术高超、经验卓著、合理搭配的医疗技术队伍。
5、肺病（呼吸）科
章丘市中医医院肺病（呼吸）科是济南市中医药重点专科，中医特色浓厚，积极开展中医特色疗法，运用穴位贴敷预防和治疗各种急慢性呼吸系统疾病，提高病人的免疫力，减少发病率，效果显著。体现了中西医结合的优势，处同级中医院领先水平。外埠病员辐射至历城、邹平、淄博、莱芜等地。