南京艾滋病科医院排名比较靠前的是中国医学科学院皮肤病医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
中国医学科学院皮肤病医院性病科是国家性病控制中心临床基地，主导制定多项全国性病诊断标准与诊疗指南，科研成果登顶国际顶级期刊。南京医科大学第一附属医院感染病科是华东地区声誉排名前五，拥有全省唯一抗感染药物临床试验机构，重症感染与肝病救治能力突出。南京鼓楼医院皮肤性病科是南京老牌强势皮肤性病专科，专病门诊体系完善，在皮肤激光美容、皮肤外科及常见皮肤病、性病规范化诊疗上实力雄厚。
1.中国医学科学院皮肤病医院 性病科
中国医学科学院皮肤病医院性病科是中国疾控中心性病控制中心临床基地，国内最早规范化开展性病诊疗的专科之一，集医、教、研、防于一体。科室承担国家性病诊疗规范、行业标准及技术指南的制定与修订工作，负责全国性病临床培训与技术指导。
拥有高水平博硕人才团队，主持国家自然科学基金、WHO及国际合作课题，多项研究成果发表于国际权威期刊，为国家梅毒等诊疗指南提供关键依据。擅长各类性传播疾病、生殖道感染及外生殖器皮肤病的精准检测与规范诊疗，检验项目齐全、隐私保护完善，是全国性病诊疗与防控的核心标杆科室。
2.南京医科大学第一附属医院 感染病科
南京医科大学第一附属医院感染病科是江苏省最早的传染病博士学位授予点、卫生部专科医师培训基地，也是江苏省唯一抗感染专业药物临床试验机构。为江苏省临床重点专科、医学重点学科及省级创新团队，复旦大学排行榜华东前五、江苏第一。学科人才实力雄厚，拥有多位博硕导师及高层次领军人才，在国内外学会担任重要职务。
擅长各类病毒性肝炎、肝硬化、肝癌等肝病，不明原因发热、中枢神经系统感染、多重耐药菌感染及各类新发传染病的危重救治，具备独立P2+实验室与人工肝等核心技术，科研成果丰硕，是江苏省感染病与重症肝病救治核心学科。
3.南京鼓楼医院 皮肤性病科
南京鼓楼医院皮肤性病科是集皮肤病、性病、皮肤外科、医学美容于一体的综合性临床专科，专科规模与影响力位居南京前列。为南京医科大学硕士点，承担多所高校教学、住培及基层医师进修任务。科室高学历人才密集，学科带头人在省市皮肤性病学会担任重要职务。
专病门诊设置齐全，涵盖皮肤美容、银屑病、甲病、脱发等特色方向，擅长过敏性皮肤病、色素性皮肤病、毛发疾病、感染性皮肤病及各类性病的规范化诊疗，在激光美容、瘢痕综合治疗、皮肤外科手术等方面形成鲜明技术特色，诊疗规范、技术先进。
4.东南大学附属中大医院 感染性疾病科
东南大学附属中大医院感染性疾病科是集临床、教学、科研于一体的专科，为东南大学硕士学位授予点。科室拥有近十位博士、硕士专业人才，长期承担肝病、发热、肠道门诊及区域重大传染病防控任务，在多次突发公共卫生事件处置中表现突出，获市、区疾控部门表彰。
擅长慢性乙型肝炎个体化治疗与多药耐药管理、脂肪肝等代谢性肝病慢病管理、不明原因发热及疑难感染、细菌真菌耐药的规范化处置，参与肝癌、脂肪肝MDT诊疗，承担多项国家及省部级课题，发表多篇高水平学术论文。
5.东部战区总医院 皮肤科
东部战区总医院皮肤科国内较早独立建制的皮肤性病专科，历史悠久、底蕴深厚。经过多年发展，形成中西医结合、内外治并重的诊疗特色。科室技术力量完备，擅长痤疮、银屑病、白癜风、脱发、结缔组织病、变态反应性皮肤病、性病及扁平疣等常见病与疑难病诊治，开展冷冻、激光、微波、光动力、皮肤美容手术及疤痕综合治疗。
具备皮肤科危重症抢救能力，承担多项省部级科研课题，获科技进步奖，出版专著并发表多篇学术论文，综合诊疗实力突出、临床疗效稳定。
