北京治疗甲亢最好的医院是北京协和医院、中国人民解放军总医院和北京医院，可就诊于内分泌科，北京协和医院内分泌科是国家重点学科，是全国内分泌学科中最完整、最全面的科室，科室学术水平一直处于国内领先地位。中国人民解放军总医院内分泌科1997年先后被批准为全军内分泌代谢病重点实验室，北京医院内分泌科是北京大学医学部、协和医科大学博士学位授予点。
第一名：北京协和医院-内分泌科
北京协和医院内分泌科是国家重点学科。科室始终保持全方位的研究方向，是全国内分泌学科中最完整、最全面的科室。内分泌科研究方向包括垂体疾病、甲状腺疾病、糖尿病、甲状旁腺疾病及骨质病、肾上腺疾病和性腺疾病等。研究涉及流行病学、临床医学和基础医学各个层面，科室学术水平一直处于国内领先地位。专科门诊包括糖尿病、甲状腺、肾上腺、代谢性骨病、垂体和性腺疾病等6个，直接为临床科研服务。
第二名：中国人民解放军总医院-内分泌科
中国人民解放军总医院内分泌科，现有2个专科病房、内分泌科实验室、内分泌专科门诊和糖尿病教育中心。1997年先后被批准为全军内分泌代谢病重点实验室、国家新药临床研究中心。2006年成立了解放军总医院内分泌代谢疾病诊治中心，2008年成为北京重点学科。共获军队科技进步二等奖3项，省部级科技进步奖4项。在甲状腺机能亢进和减退、各种甲状腺炎症和结节、肿瘤以及内分泌突眼的诊断治疗方面具有优势。
第三名：北京医院-内分泌科
北京医院内分泌科近年来发展迅速、成绩斐然，目前是北京大学医学部、协和医科大学博士学位授予点，在高干医疗保健、医疗、教学和科研等多方面取得了长足的进步，成为在北京和全国具有影响力的重要科室，且在国内较早地开展了内分泌相关激素的临床检测工作。 科室就诊患者的主要病种包括糖尿病及其急慢性并发症、甲状腺疾病（如甲亢等）、血脂异常、高尿酸血症、痛风、肾上腺疾病、垂体疾病、肥胖症、骨质疏松症、甲状旁腺疾病、内分泌性高血压、内分泌危象、低血糖症等。
第四名：北京大学第一医院-内分泌内科
北京大学第一医院内分泌科长期开展内分泌代谢疾病的基础与临床研究，对内分泌代谢疾病的诊断与治疗水平居国内领先地位。门诊及病房可对几乎全部内分泌及代谢专业的疾病进行诊断及治疗，涵盖下丘脑-垂体功能减退与亢进、甲状腺功能减退与亢进、甲状旁腺功能减退与亢进、肾上腺皮质及髓质功能减退与亢进、先天型肾上腺增生症、性腺功能减退与亢进、胰岛细胞瘤、其它低血糖症等。内分泌科是“国家重点专科建设项目”科室，承担了国家“十五”攻关课题“2型糖尿病及其并发症干预控制研究”等，在促进我国内分泌糖尿病领域的发展上做出了一定得科学贡献。
第五名：北京大学第三医院-内分泌科
北京大学第三医院内分泌科在临床、教学、科研等方面均具备了较为雄厚的综合实力，已成为国内大型医院第一方阵的内分泌专业团队。糖尿病和甲亢等甲状腺疾病是科室临床工作的重点方向，对肾上腺疾病、垂体疾病、性腺疾病、生长发育异常、肥胖、骨代谢疾病等内分泌代谢疾病亦有较高的诊治水平。内分泌在2014年度中国医院影响力内分泌专业排行榜华北区排名第9名，2017年被评为中国最佳临床学科评估排行榜第11名，为全北京市门诊量最大的内分泌科室之一。
第六名：北京大学人民医院-内分泌科
北京大学人民医院内分泌代谢科是国家卫计委重点专科（内分泌代谢病专业）建设项目，是北京市唯一一家由北京市科学技术委员会授予的糖尿病领域临床研究中心，在内分泌代谢疾病的临床及研究中均处于国内领先地位。诊治疾病有糖尿病、甲亢、甲减等，涵盖了下丘脑垂体、甲状腺、肾上腺、性腺、糖脂代谢、骨盐代谢、钾钠代谢、水电解质酸碱平衡相关的常见病和罕见疑难病。
第七名：北京天坛医院-内分泌科
北京天坛医院内分泌科承担了三级甲等综合性医院的各项临床、教学与科研工作，为中华医学会内分泌学分会全国委员单位、北京医学会内分泌学会副主任委员单位等，常年收治内分泌代谢病（如糖尿病、甲亢等）等主干疾病，同时具有明显的学科特色与神经内分泌专业优势，在国内内分泌学界享有一定的知名度。
第八名：中国医学科学院阜外医院-内分泌科
中国医学科学院阜外医院内分泌科由多位具有多年临床、教学和科研工作经验的内分泌专家的组成，承担糖尿病、甲状腺疾病（如甲亢、甲减等）、甲状旁腺疾病、肾上腺及脑垂体疾病、内分泌性高血压病、低血糖症和骨质疏松等各种内分泌及代谢性疾病的诊断和治疗。
第九名：首都医科大学宣武医院-内分泌科
首都医科大学宣武医院内分泌科由著名内分泌科专家刘传递创建，现已逐步成为医教研卓越的内分泌代谢病临床中心。目前设有糖尿病与甲状腺疾病组、神经科学与代谢疾病组、肥胖与垂体疾病组、女性内分泌代谢病与肾上腺疾病组、骨质疏松与肌少症疾病组，在诊治糖尿病、甲亢、甲减等疾病具有较高水平。
