中山大学中山眼科中心擅长眼底外科、眼底内科、角膜病科、眼外伤科、眼眶病与眼肿瘤科相关疾病的诊治。该医院是国家卫健委属委管唯一的眼科专科医院，临床专科诊治优势突出。
1、眼底外科
是我国最早开展现代玻璃体视网膜手术的基地之一，现已发展成为我国规模最大、技术力量最强的眼底病手术专科。在国内率先开展各种眼底疾病的诊治新技术，包括微创玻璃体切除技术、可松解环扎术等，眼底病、葡萄膜炎、神经眼科多个优势专业居国际、国内领先水平。
2、眼底内科
是全国最著名的眼底内科专科之一，拥有国内一流的眼底内科疾病诊疗和影像平台、葡萄膜炎诊疗平台、神经眼科诊疗平台和激光治疗平台，还拥有享誉国内外的眼底和眼免疫疾病的基础研究平台。
3、角膜病科
是由全国著名角膜病专家、全国角膜病学组创始人杜念祖教授创建，在杜念祖教授和陈家祺等教授带领下，专科已经成为集医疗、科研、教学为一体的综合性学术平台。在复杂疑难角膜移植手术、眼表重建以及干眼泪膜疾病的诊治居国内领先地位。
4、眼外伤科
是国内最早成立的集临床、科研、教学于一体的眼外伤专科之一。专科在眼外伤的诊治方面积极探索，力求挽救患者视力。科室在复杂性玻璃体视网膜病变、感染性眼病以及严重眼化学伤等眼外伤相关疾病的诊治水平处于国内外一流水平。
5、眼眶病与眼肿瘤科
是全国最著名的眼眶病眼肿瘤专科之一，开展专业领域内的各种常见及疑难复杂病例的治疗及其研究。现年门诊量达4万余人次，年手术量近3000台，其临床诊疗与研究水平处于全国领先、国际顶尖水平。
