福建省立金山医院擅长泌尿外科、耳鼻喉科、妇产科、基本外科、神经外科等。
1、泌尿外科
福建省立金山医院泌尿外科成立于2015年4月，为福建省内技术领先、开展微创技术最为全面的泌尿腔镜治疗中心。泌尿外科的医疗团队和管理团队全部从福建省立医院本部派出，由经验丰富的学科带头人、年富力强的临床骨干医生以及训练有素的护理团队组成，实力雄厚。科室在福建省内最早开展经腹腔径路的泌尿外科腹腔镜手术，也是国内最早开展的单位之一。
2、耳鼻喉科
福建省立金山医院耳鼻喉科始建于1947年，是该省耳鼻咽喉科领域的中坚力量。科室是福建省中西医结合学会耳鼻咽喉科分会的挂靠单位，福建省住院医师规范化培训基地，省直级“巾帼文明岗”授予单位，中国残联贫困聋儿抢救性康复人工耳蜗项目定点手术单位。多项技术达到国内先进水平，各专科均在省内同行业中位列前茅。
3、妇产科
福建省立金山医院妇产科是学科建设已涵盖普通产科、高危产科、母胎医学、产前诊断、妇科、妇科微创、妇科肿瘤、生殖内分泌、及计划生育等多个亚学科的综合性临床学科，承担妇科、产科、计划生育等妇产科的常见病、多发病、疑难病症的诊治及急、危重病人的抢救。
4、基本外科
福建省立金山医院基本外科在贲门癌根治术和直肠癌低位保肛手术、家族性息肉病外科治疗等达国内一流水平。对各种复杂疝、复发疝根据具体病情选择不同的材料和修补方法，处国内先进水平。肝胆专业组开展“腹腔镜胆囊切除”、“腹腔镜胆总管切开取石”、“腹腔镜左肝外叶切除术”、“腹腔镜脾切除术”、“腹腔镜胰体尾切除术”等手术，达国内先进水平。
5、神经外科
福建省立金山医院神经外科是福建省立医院本部神经外科发展壮大后衍生出来的新兴平台，科室在神经外科微创技术领域处于省内先进水平，其中微创介入技术治疗颅内动脉瘤和微创神经内镜技术治疗垂体瘤，分别获得福建省立医院2008年和2012年技术创新奖，是全国微侵袭神经外科专家委员会福建区域委员所在单位。