武汉市精神卫生中心擅长中医结合科、睡眠障碍科、儿童康复科、老年心身病科、心理创伤科，这些科室均具备专业的医疗技术和诊疗能力，能够为广大患者提供优质的医疗服务。
1、中医结合科
是武汉市精神卫生中心的特色科室，为武汉市临床重点专科，主要收治重症精神障碍的男性病人。科室将中医辨证与西医辨病相结合，充分发挥中医的作用。尤其在精神疾病的诊断及治疗的基础上，通过中医辩证论证的方法，按中药组方原则，合并中药、针灸、推拿等多类治疗方法，并在治疗中增加西药疗效，减少西药的用药剂量，降低精神类药物的副作用。
2、睡眠障碍科
实施严格的分级管理制度，病区设有重症监护病房、一级护理观察室、普通病房、发热病人观察室等，管理模式挑战以往传统落后的管理方式，实施人性化管理，在科内增设各项运动器材并开展大量的文体活动，不仅提高了病人的医从性，也为后期康复提供良好的医疗环境。该科具有收治病种多样性、风险性高、劳动强度大等特点。
3、儿童康复科
是该医院综合性开展儿童孤独症诊断、康复治疗和临床研究的专业化科室，为武汉市残联指定的孤独症定点专业训练机构，也是武汉市唯一一家孤独症康复训练的公立机构。设置有评估室、个别训练室、感觉统合训练室等，根据不同状况患儿开展个性化的康复训练方案。
4、老年心身病科创
系该中心重点专科之一，是集老年期精神疾病的治疗和康复指导于一体的特殊学科。科室设有住院病房及专家门诊，经十余年的发展，在老年期精神障碍的诊断、治疗、护理及管理方面积累了丰富的临床经验，承担多项市级及以上研究课题。
5、心理创伤科
是在武汉市政府的大力支持下组建的一家新型现代化医疗中心，是国家医疗中心创新级临床重点专学科和武汉市重点专学科。该科室也是国内首先开展开放型、动力性住院式心理治疗的病房，是全国创伤病区特色医疗三大心理培训基地之一。