南京心胸外科比较好的医院依次为南京市胸科医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院等。南京市胸科医院胸心外科是南京市重点专科，其胸腔镜单孔技术、非体外循环心脏不停跳冠脉搭桥术等处于国内领先水平。南京医科大学第一附属医院胸外科是省医院临床重点专科，开展微创肺叶切除及精准肺段切除术等领域居于国内领先、国际先进水平。南京鼓楼医院心胸外科成功开展了90岁高龄患者换瓣+搭桥手术，代表国内心外科手术水平与国际相接轨。
第一名：南京市胸科医院-胸心外科
南京市胸科医院胸心外科，是南京市重点专科，科室常规开展各类胸部疾病的手术，其胸腔镜单孔技术处于国内领先水平，在省内率先开展了剑突下单孔胸腔镜肺叶切除手术，尤其擅长肺癌精准化微创外科治疗、肺小结节个体化微创外科治疗等。其非体外循环心脏不停跳冠脉搭桥术，瓣膜置换、瓣膜成形术达到国内领先水平。
第二名：南京医科大学第一附属医院-胸外科
南京医科大学第一附属医院胸外科是国家教育部最早批准的硕士点，现为临床医学博士点、江苏省医院临床重点专科。开展各类胸腔镜下肺、食管及纵隔手术治疗，各类技术达到国内领先水平。在微创肺叶切除及精准肺段切除术、食管癌微创及规范化治疗、胸外科无痛及加速康复等领域居于国内领先水平,国际先进水平。
第三名：南京鼓楼医院-心胸外科
南京鼓楼医院心胸外科目前是江苏省十三五科教强卫工程医学重点学科、江苏省临床重点专科。开创右腋下小切口微创心脏手术方法，常规应用于各类先心病、瓣膜修复与置换等手术，被称为“王氏小切口”，享誉国内外。成功开展了90岁高龄患者换瓣+搭桥手术，代表国内心外科手术水平与国际相接轨，提高了国内高龄患者的生存质量。研制出三分支支架技术用以治疗A型主动脉夹层，并获得临床应用，且该技术作为自主知识产权已被引进到欧美等国家。
第四名：东南大学附属中大医院-胸心外科
东南大学附属中大医院胸心外科为集医疗、科研、教学为一体的现代化临床医学学科，在省内外享有较高的知名度。常规开展各类食管癌、贲门癌、肺癌、纵隔肿瘤、气胸等疾病的手术治疗。率先开展了微创冠脉搭桥手术（OPCAB）、全动脉化冠脉搭桥手术、微创心脏外科手术等技术，在省内处于领先水平。
第五名：东部战区总医院-心胸外科
东部战区总医院心胸外科是江苏省“135工程”重点学科，南京军区心血管病研究所外科部。在重症心脏瓣膜置换、冠状动脉搭桥手术、大血管疾病综合治疗、复杂先天性心脏病矫治、胸外科手术(食管、肺、纵膈等疾病）、机器人和胸腔镜微创外科、危重急症病人救治等项目上在军内外享有盛誉。
第六名：南京市第一医院-心胸血管外科
南京市第一医院心胸血管外科，是国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、省级临床重点专科。2015年全国心外科科技影响力排名在第13名（省内第一名）。参与中国冠心病血运重建指南、中国主动脉夹层诊疗规范的制定，冠心病外科领域和微创心血管外科技术水平处于国内领先并达国际先进水平。为全国首批心脏移植中心和心室辅助装置准入医院，创全国该领域4项技术突破。
第七名：南京市第二医院-胸心外科
南京市第二医院胸心外科，是集医疗、教学、科研为一体的专业科室。特色医疗为微创手术及快速康复、肺癌诊断及个体化综合治疗、食管癌、贲门癌微创手术、胸部外伤包括复合伤的治疗等。
第八名：江苏省中医院-心胸外科
江苏省中医院心胸外科配有百级净化专用心脏手术室和国内超一流设备的独立心脏监护病房，与国内外多个大型心脏中心保持密切合作与技术交流，手术质量及成功率居国内先进水平。科室技术优势及特色：冠状动脉搭桥术；心脏瓣膜成形术及替换术，术中同期射频消融治疗房颤；微创胸骨上段小切口心脏多瓣膜手术；微创房缺封堵术等。
第九名：江苏省中西医结合医院-心胸外科
江苏省中西医结合医院心胸外科是医院重点投入和大力发展的临床新兴学科，现已稳步开展肺大疱切除修补术、全腔镜下肺叶切除术、纵膈肿瘤切除术及食管癌（贲门）根治术。开展的第一例体外循环下冠状动脉旁路移植术（CABG），填补院内空白；全胸腔镜下房颤射频消融术，填补省内空白。